Venn网络展示富集分析结果

生信宝典

发布于 2022-01-18 19:52:14

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发布于 2022-01-18 19:52:14

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前面讲述了富集分析泡泡图的绘制，富集分析结果也可以用网络形式同时展示富集的条目以及对应的基因。

首先看下示例数据，列数可多可少，这里只用到Description列和geneID列。

ID    Description    GeneRatio    BgRatio    pvalue    p.adjust    qvalue    geneID    Count    Group
HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB    26/156    200/4386    4.45471795944512e-09    2.09371744093921e-07    1.82877895177221e-07    PER1/DUSP1/IRS2/KLF9/CEBPD/DNAJB4/CFLAR/GADD45B/PDLIM5/SAT1/TSC22D1/KLF6/RHOB/MAFF/PTX3/NR4A3/MAP3K8/GCH1/NFIL3/CYR61/NR4A1/DUSP5/ATF3/GFPT2/RCAN1/PTPRE    26    trt._higherThan_.untrt
HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION    18/156    200/4386    0.000216131430625001    0.00507908861968753    0.0044363819970395    NNMT/FZD8/GADD45B/SAT1/COL7A1/LAMA2/THBS1/RHOB/PTX3/COL4A1/ANPEP/FSTL3/CYR61/COL11A1/LAMA3/ACTA2/TAGLN/FBN2    18    trt._higherThan_.untrt
HALLMARK_HYPOXIA    HALLMARK_HYPOXIA    17/156    200/4386    0.000638557923391064    0.0100040741331267    0.00873816105693035    DUSP1/MT2A/ERRFI1/IRS2/MT1E/FOXO3/SAP30/KLF6/GLRX/MAFF/UGP2/CITED2/NFIL3/CYR61/ATF3/STC1/GCNT2    17    trt._higherThan_.untrt
HALLMARK_P53_PATHWAY    HALLMARK_P53_PATHWAY    16/156    200/4386    0.00176676135024713    0.0207594458654038    0.0181325506999047    STOM/ZBTB16/ABAT/ALOX15B/DCXR/FOXO3/SAT1/TSC22D1/CCND3/INHBB/TM4SF1/ATF3/CD82/PDGFA/SLC19A2/PTPRE    16    trt._higherThan_.untrt
HALLMARK_UV_RESPONSE_DN    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN    12/156    144/4386    0.00478020785355157    0.0449339538233847    0.0392480223765287    DUSP1/APBB2/MT1E/ANXA4/TGFBR2/PDLIM5/AMPH/CITED2/CYR61/COL11A1/DDAH1/PPARG    12    trt._higherThan_.untrt
HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE    9/156    101/4386    0.00920383270379172    0.0720966895130351    0.0629735921838381    FKBP5/ADAMTS1/PDLIM5/SAT1/TSC22D1/CCND3/STEAP4/SLC38A2/PTK2B    9    trt._higherThan_.untrt

采用BIC的工具Explode matrix对矩阵进行转换，把geneID列的基因按行拆分开：

http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27NDI%3D%27
设置geneID列为Column for exploding
设置/为Item separtor in exploding column
设置只保留geneID和Description列，且geneID列在前 (Specify columns to be included in final matrix)

点击提交，下载结果（如果结果直接在浏览器打开了，则右键另存为下载）

获得转换后的数据格式如下 (两列文件，基因和其对应的富集条目)：

geneID    Description
PER1    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
DUSP1    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
IRS2    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
KLF9    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
CEBPD    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
DNAJB4    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
CFLAR    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
GADD45B    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
PDLIM5    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
SAT1    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
TSC22D1    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
KLF6    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
RHOB    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
MAFF    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
PTX3    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
NR4A3    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
MAP3K8    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
GCH1    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
NFIL3    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
CYR61    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
NR4A1    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
DUSP5    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
ATF3    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
GFPT2    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
RCAN1    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
PTPRE    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
NNMT    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
FZD8    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
GADD45B    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
SAT1    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
COL7A1    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
LAMA2    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
THBS1    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
RHOB    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
PTX3    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
COL4A1    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
ANPEP    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
FSTL3    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
CYR61    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
COL11A1    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
LAMA3    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
ACTA2    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
TAGLN    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
FBN2    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
DUSP1    HALLMARK_HYPOXIA
MT2A    HALLMARK_HYPOXIA
ERRFI1    HALLMARK_HYPOXIA
IRS2    HALLMARK_HYPOXIA
MT1E    HALLMARK_HYPOXIA
FOXO3    HALLMARK_HYPOXIA
SAP30    HALLMARK_HYPOXIA
KLF6    HALLMARK_HYPOXIA
GLRX    HALLMARK_HYPOXIA
MAFF    HALLMARK_HYPOXIA
UGP2    HALLMARK_HYPOXIA
CITED2    HALLMARK_HYPOXIA
NFIL3    HALLMARK_HYPOXIA
CYR61    HALLMARK_HYPOXIA
ATF3    HALLMARK_HYPOXIA
STC1    HALLMARK_HYPOXIA
GCNT2    HALLMARK_HYPOXIA
STOM    HALLMARK_P53_PATHWAY
ZBTB16    HALLMARK_P53_PATHWAY
ABAT    HALLMARK_P53_PATHWAY
ALOX15B    HALLMARK_P53_PATHWAY
DCXR    HALLMARK_P53_PATHWAY
FOXO3    HALLMARK_P53_PATHWAY
SAT1    HALLMARK_P53_PATHWAY
TSC22D1    HALLMARK_P53_PATHWAY
CCND3    HALLMARK_P53_PATHWAY
INHBB    HALLMARK_P53_PATHWAY
TM4SF1    HALLMARK_P53_PATHWAY
ATF3    HALLMARK_P53_PATHWAY
CD82    HALLMARK_P53_PATHWAY
PDGFA    HALLMARK_P53_PATHWAY
SLC19A2    HALLMARK_P53_PATHWAY
PTPRE    HALLMARK_P53_PATHWAY
DUSP1    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
APBB2    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
MT1E    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
ANXA4    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
TGFBR2    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
PDLIM5    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
AMPH    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
CITED2    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
CYR61    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
COL11A1    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
DDAH1    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
PPARG    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
FKBP5    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
ADAMTS1    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
PDLIM5    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
SAT1    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
TSC22D1    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
CCND3    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
STEAP4    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
SLC38A2    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
PTK2B    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE

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