78-R可视化14-不同分组差异基因数目的上下柱状图显示
78-R可视化14-不同分组差异基因数目的上下柱状图显示
北野茶缸子
发布于 2022-01-04 19:38:22
发布于 2022-01-04 19:38:22
前言
在上一节中[[77-R可视化13-多个ggplot图象映射实现以假乱真的dodge+stack效果]]，我们提到了这张图：
下面是本来要复现的图：
有同学给我说了，这个图其实是有它的道理的，它其实显示的是，堆叠在一起的OM 与YM 的差异基因，各自有50多，合计对应Y 轴上的内容。
哇，原来是这样。那它就更垃圾了。
这种基本的misunderstanding 可是数据科学家可视化的禁忌啊！
你明明有更好的选择，比如将另一个对比分组调整到坐标轴的负轴。
代码实现
非常简单，假数据和绘图我一并写了：
# fake data
a1 <- data.frame(
counts = c(-53, -40, -59, -39), #将a1显示在x轴下方
type1 = c(rep("NK",2), rep("TC",2)),
type2 = rep(c("YM", "YF"), 2)
)
a1$counts2 <- abs(a1$counts) #为了让label 显示正值
a2 <- data.frame(
counts = c(52, 24, 57,28),
type1 = c(rep("NK",2), rep("TC",2)),
type2 = rep(c("OM", "OF"), 2)
)
ggplot() +
geom_col(data = a2, aes(type1, counts, fill = type2),
position = "dodge") +
geom_col(data = a1,
aes(type1, counts, fill = type2),
position = "dodge") +
geom_text(data = a2,
aes(type1, counts,fill = type2, label = counts),
position = position_dodge(0.9), vjust = -0.8) +
geom_text(data = a1,
aes(type1, counts,fill = type2, label = counts2),
position = position_dodge(0.9), vjust = 1.5) +
ggthemes::theme_economist() +
# 在这个网站找颜色https://colorbrewer2.org/
scale_fill_manual(values = c("#fc9272", "#9ecae1", "#de2d26","#3182bd"))
但忽然发现，结果有点突兀：
这里发现因为存在两个图形映射，分面让人很不满意：
稍微修改下主题再出图：
p1 <- ggplot() +
geom_col(data = a2, aes(type1, counts, fill = type2),
position = "dodge") +
geom_col(data = a1,
aes(type1, counts, fill = type2),
position = "dodge") +
geom_text(data = a2,
aes(type1, counts,fill = type2, label = counts),
position = position_dodge(0.9), vjust = -0.8) +
geom_text(data = a1,
aes(type1, counts,fill = type2, label = counts2),
position = position_dodge(0.9), vjust = 1.5) +
ggthemes::theme_economist() +
# 在这个网站找颜色https://colorbrewer2.org/
scale_fill_manual(values = c("#fc9272", "#9ecae1", "#de2d26","#3182bd")) +
labs(x = NULL) + theme(
axis.ticks.x = element_blank()
)
p1
这种100以内的加法，还需要一个坐标轴告诉你差异基因的数目吗？
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原始发表：2021-12-29，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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