遇到一本新书《A Practical Guide to Protein Engineering》--Tuck Seng Wong、Kang Lan Tee,在里边学到些数据库知识,记录在此,供诸君参考。
1,蛋白质序列分析
ProtParam(从蛋白质序列计算其理化性质,buffer选择,pH中性,离等电点1-2个单位):https://web.expasy.org/protparam/
SignalP(预测信号肽及其切割位点):http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
Pfam(鉴定蛋白质家族、功能域及其功能位点):https://pfam.xfam.org/
PROSITE(同上):https://prosite.expasy.org/
InterPro(同上):http://smart.emblheidelberg.de/
SMART(分析结构域):http://smart.emblheidelberg.de/
2,DNA序列分析
Reverse Complement(反向互补序列):https://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html
DNA Stats(统计碱基出现的次数):https://www.bioinformatics.org/sms2/dna_stats.html
Translate(六框翻译):https://web.expasy.org/translate/
Codon Usage(返回密码子使用频率):https://www.bioinformatics.org/sms2/codon_usage.html
Reverse Translate(从蛋白->DNA):https://www.bioinformatics.org/sms2/rev_trans.html
3,氨基酸序列比对中各符号的意思
*:完全一直
: :相似氨基酸
. :相似性较差
4,蛋白质结构数据库
PDB数据库:https://www.rcsb.org/
BMRB(核磁数据,储存蛋白、多肽、核酸和其它生物分子的核磁谱):http://www.bmrb.wisc.edu/
二级结构预测:
JPred:http://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred/
PSIPRED:http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
三级结构预测(其它的自己学,但是下边两个都有在线软件,我买了一个4T硬盘,但是没来得及安装,呜呜呜):
Alphold 2
RosettaFold 2
三级结构可视化
Pymol(Schrodinger的免费子软件,多数文章在用,有学术免费版本)
Swiss-PdbViewer
UCSF Chimera(这个的图最好看,虽然界面丑,但是出图好看)
5,蛋白质表达需要的标签
6,DNA浓度、纯度
A260/A280:蛋白质污染,dsDNA在1.85~1.88之间,RNA在2.1左右(RNA污染会使比例增大)
A260/A230:离子例如EDTA Triton 苯酚等,dsDNA在2.3~2.4之间,RNA在2.1~2.3之间
7,蛋白质表达的包涵体
有一些氨基酸倾向于形成包涵体,可以预测
Aggrescan:http://bioinf.uab.es/aggrescan/
PASTA:http://protein.bio.unipd.it/pasta2/
如何补救:
i),变性后复性,8 M尿素,6 M 盐酸胍
ii),再折叠,高pH(>12),6 M n-丙醇,6 M 巯基乙醇
iii),非变性溶剂, 0.4% 肌氨酰,5% DMSO,5% n-丙醇
8,蛋白质分析
发光基团数据库
Fluorophores.org ( http://www.fluorophores.tugraz.at/)
Zeiss Filter Assistant (https://www.micro-shop.zeiss.com/en/uk/shop/filterAssistant/dyes/)
FPbase (https://www.fpbase.org/)
9,蛋白质展示技术(写一个专题,生物技术,20号以前)
10,蛋白质纯化
Cytiva’s Principles & Methodology Handbooks (https://www.cytivalifesciences.com/en/us/support/handbooks)
Bio-Rad’s Protein Purification Solutions (https://info.bio-rad.com/PPD-RSLP1?source_wt=proteinpurificationupdate_surl)
Thermo Fisher Scientific’s Protein Purification Support (https://www.thermofisher.com/uk/en/home/technical-resources/technical-reference-library/protein-purification-isolation-support-center/protein-purification-support.html)
11,蛋白浓度测定
Bradford,直接检测,蛋白和染料的结合,光吸收,595nm
BCA,蛋白和铜离子的螯合反应,光吸收,562nm
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
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