「R」ezcox v1.0.2 更新

王诗翔呀

发布于 2021-10-26 13:46:28

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针对@lijing-lin在GitHub的ezcox仓库提出的Fast way to add interaction terms?[1]问题，这两天闲暇时废了些脑细胞进行解决。同时也fix之前记录的一个遗留问题。

remotes::install_github("ShixiangWang/ezcox")

交互项支持

之前为了解决用户数据列名不符合的R命名规则，在源代码例自动对不合法名字进行了反撇号标记。这会导致R的公式没法进行解析，例如sex:age会被判断为一个列名，R的公式没法解析它，因为找不到数据中对应的sex:age列，所以会报错。

library(survival)
library(ezcox)

lung$ph.ecog <- factor(lung$ph.ecog)
ezcox(lung, covariates = c("age"), controls = "sex:ph.ecog")
## # A tibble: 5 × 12
##   Variable is_control contrast_level ref_level n_contrast n_ref     beta    HR
##   <chr>    <lgl>      <chr>          <lgl>     <lgl>      <lgl>    <dbl> <dbl>
## 1 age      FALSE      age            NA        NA         NA     0.00844 1.01 
## 2 age      TRUE       sex:ph.ecog0   NA        NA         NA    -0.890   0.411
## 3 age      TRUE       sex:ph.ecog1   NA        NA         NA    -0.580   0.560
## 4 age      TRUE       sex:ph.ecog2   NA        NA         NA    -0.236   0.790
## 5 age      TRUE       sex:ph.ecog3   NA        NA         NA     0.967   2.63 
## # … with 4 more variables: lower_95 <dbl>, upper_95 <dbl>, p.value <dbl>,
## #   global.pval <dbl>

另外，一些数据的计算会由于交互项的引入带来麻烦，我选择将一些结果列直接赋值为NA来消除。所以新的特性的实现是有一些代价的。

另外值得注意的时，由于forestmodel包不支持提取交互项的数据，在绘图时会被自动忽略。

show_forest(lung, covariates = c("age", "wt.loss"), controls = "sex:ph.ecog")

`ezcox_group()`乱序问题

在之前的版本中下面的代码运行后所有数据生成的ALL组会跑到中间去，本次版本进行了修复，确保它位于最后一个。

lung$sex <- ifelse(lung$sex == 1, "Male", "Female")

ezcox_group(lung, grp_var = "sex",
            covariate = "ph.ecog", controls = "age", add_all = TRUE)
## $data
## $stats
## # A tibble: 12 × 13
##    Group  Variable is_control contrast_level ref_level n_contrast n_ref    beta
##    <chr>  <chr>    <lgl>      <chr>          <chr>          <dbl> <dbl>   <dbl>
##  1 ALL    ph.ecog  FALSE      1              0                113    63  0.359 
##  2 ALL    ph.ecog  FALSE      2              0                 50    63  0.857 
##  3 ALL    ph.ecog  FALSE      3              0                  1    63  2.11  
##  4 ALL    ph.ecog  TRUE       age            age              228   228  0.0108
##  5 Female ph.ecog  FALSE      1              0                 42    27  0.439 
##  6 Female ph.ecog  FALSE      2              0                 21    27  1.41  
##  7 Female ph.ecog  FALSE      3              0                  0    27 NA     
##  8 Female ph.ecog  TRUE       age            age               90    90 -0.0153
##  9 Male   ph.ecog  FALSE      1              0                 71    36  0.353 
## 10 Male   ph.ecog  FALSE      2              0                 29    36  0.809 
## 11 Male   ph.ecog  FALSE      3              0                  1    36  1.77  
## 12 Male   ph.ecog  TRUE       age            age              138   138  0.0182
## # … with 5 more variables: HR <dbl>, lower_95 <dbl>, upper_95 <dbl>,
## #   p.value <dbl>, global.pval <dbl>
## 
## $models
## # A tibble: 3 × 6
##   Group  Variable control model_file                               model  status
##   <chr>  <chr>    <chr>   <chr>                                    <list> <lgl> 
## 1 ALL    ph.ecog  age     /Volumes/Extra/R/Rtmp//Rtmp9B6ubK/ezcox… <coxp… TRUE  
## 2 Female ph.ecog  age     /Volumes/Extra/R/Rtmp//Rtmp9B6ubK/ezcox… <coxp… TRUE  
## 3 Male   ph.ecog  age     /Volumes/Extra/R/Rtmp//Rtmp9B6ubK/ezcox… <coxp… TRUE  
## 
## attr(,"class")
## [1] "ezcox"
## 
## $plot

参考资料

[1]

Fast way to add interaction terms?: https://github.com/ShixiangWang/ezcox/issues/23

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原始发表：2021-10-22，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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