Galaxy Release 20.05 发布，新增多项可视化体验

Galaxy Project（https://galaxyproject.org/）是在云计算背景下诞生的一个生物信息学可视化分析开源项目。

该项目由美国国家科学基金会（NSF）、美国国家人类基因组研究所（NHGRI）、哈克生命科学研究所（The Huck Institutes of the Life Sciences）、宾州州立大学网络科学研究所（The Institute for CyberScience at Penn State），以及约翰霍普金斯大学（Johns Hopkins University）提供支持，是目前生物医学研究领域最受欢迎的在线生物信息分析工具之一。

2020年6月左右，Galaxy Project 正式发布了 release-20.05 的版本，这里总结一下该版本一些主要的更新内容，为关注和爱好 Galaxy 的中文用户提供参考。

1. 开发者与管理员层面的主要更新

1.1 Many new Interactive Tools

Galaxy 交互式工具允许通过访问实例内部的基于 gui 的工具进行更深入的分析。10个新的交互式工具(有些以前只能在 UseGalaxy.eu 服务器上使用)加入了标准的基础工具集。对 Higlass 交互式工具的改进现在也允许同时以不同格式对多个数据集进行更深入的可视化。

1.2 Data Tables can now be backed by refgenie

使用 Refgenie 基因组管理器对参考基因组资源的存储、访问和转移进行管理。Galaxy 可以从 refgenie 的安装位置获取并填充 data tables。

1.3 Tool Shed is now Python3 ready

作为 Galaxy 代码库中的最后一个组件，Tool Shed 已经移植到了 Python 3。这结束了将 Galaxy 代码库移植到 Python 3 的 4 年努力。

1.4 Workflow Editor and Workflow Run Form in Vue.js

工作流编辑器和工作流运行表单已在 Vue.js 中重写。在保留功能的同时，这为将来创建这些组件的精美且反应灵敏的自定义变体打下了基础。

1.5 Accelerated Galaxy Startup

Galaxy 现在会缓存扩展的工具文档，将创建工具搜索索引的时间延迟到启动后，然后逐步创建搜索索引。

2. 用户层面的主要更新

2.1 Tool Recommendations

Anup Kumar 已基于对 Galaxy Europe 数据进行的机器学习构建了工具预测功能。使用工作流程中的连接，他建立了一个按钮，可以建议您在当前分析步骤之后应使用哪种工具。您可以在 UseGalaxy.eu 的博客文章中阅读更多内容。此功能目前在 usegalaxy.org 上不可用，但可以在usegalaxy.eu 上尝试使用。

2.2 New Interactive Tools

经过许多 UseGalaxy.eu 管理员和开发人员以及欧洲 Galaxy 社区的共同努力，我们已经将大量的交互式环境转换为新的交互式工具规范。您可以在 live.usegalaxy.eu 上全部尝试。

2.3 Rule Based Uploader: Scrolling!

许多高级用户已经爱上了 Galaxy 的 Rule Builder，可让您上传数据表，轻松标记数据集并在上传时构建集合。但是，表中的列过多时，用户无法很好地滚动，但是这种情况已经不会再发生！这已由 Galaxy 团队成员之一 @assuntad23 修复。如果您想了解有关使用规则构建器的更多信息，请参阅开发人员 @jmchilton 的深入教程。

2.4 Social Login

社交登录系统在过去的发行版中有所改进，从增加对 Okta 的支持，添加和断开 OIDC 帐户到注销。通过 CILogon 和 Custos，用户将能够使用现有的机构登录凭据来登录其 Galaxy 帐户。不同的服务器支持不同的身份验证提供程序，因此，如果您想使用 CILogon，Custos，ELIXIR AAI，Google 或 Globus 登录，请立即询问管理员。

3. 新的可视化工具

3.1 Chira Visualisation

Chira 为 chimeras 提供了一套工具和新的可视化效果，使您能够分析 RNA-RNA 相互作用的实验数据，例如CLASH，CLEAR-CLIP，PARIS，LIGR-Seq 等。在 EU 博客中了解更多信息。

3.2 其他可视化更新

• 可以对数据进行实时编辑的可视化工具。(Pull Request 9531)
• 如果未进行任何更改，则跳过进一步的 visualization 构建步骤。(Pull Request 9634)

4. 新的数据类型

• OpenMS 的新数据类型 (Pull Request 8109)
• 新增 tpr 数据类型 (Pull Request 9244)
• 兼容 Python3 的 SnpEff 和 SnpSift 元数据检测 (Pull Request 9282)
• 为 xcms 和 camera 添加数据类型 (Pull Request 9470)
• 为 bam 文件中大于2**29 - 1的区域创建 csi 索引 (Pull Request 9570)
• 增加 PAF, GFA1 和 odgi 数据类型 (Pull Request 9592)
• 增加 xg, vg 和 protobuf 数据类型 (Pull Request 9593)
• Sniffer for multi-member zip archives (Pull Request 9595)
• 修复 gff3.gz and gff3.bz2 数据类型 (Pull Request 9731)
• 在 bz2_to_uncompressed.xml 中使用正确的扩展名 (Pull Request 9734)
• 修复重启后消失的数据类型 (Pull Request 9835)

5. 内置工具更新

• 从工具的<command>中删除不推荐使用的interpreter属性 (Pull Request 9490)
• Datasource tool for SRA manifest (Pull Request 9613)
• 修复在远程 Kubernetes 中工作的一些 IT 问题 (Pull Request 9614)
• 修复捆绑工具 shrimp_color_wrapper 的一些错误 (Pull Request 9665)
• extract_genomic_dna.py：把从 bx.intervals.io 导入 Comment, Header，替换成从 bx.tabular.io 中导入 (Pull Request 9748)