LigPlot是EMBL-EBI开发的软件,用于以2D方式展示分子对接结果,LIGPLOT,绘制蛋白质和小分子之间的相互作用;DIMPLOT,绘制蛋白之间的相互作用;Antibody plot,绘制抗原抗体之间的相互作用。其余软件还有PLIP和PoseViewer,我后续再补上。
1,使用edu邮箱申请(https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/applicence.html)
之后会收到下载所需的密码,点击邮件中的链接即可转到下载页面,下载为LigPlus.zip文件,先不着急解压。
2,安装软件所需Java环境。
在Oracle官网下载最新版本17并安装
3,安装LigPlot(与一般.exe安装不同,只是添加一个快捷方式)
1),为了简便,LigPlus.zip直接解压到C:\根目录,这时C盘会多出一个文件夹LigPlus
(若解压到其它目录会涉及管理员权限,在修改参数时也会比较麻烦)
2),寻找LigPlus.jar文件,右击-》发送到桌面快捷方式-》在桌面快捷方式处右击-》常规,修改名称为LigPlus-》快捷方式,更改图标,选择LigPlus/lib/images/ligplus.ico》确定。
4,其它
若在其它文件夹安装,需要修改cLigPlus.bat文件,具体参考https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/install.html。
5,实例
有操作手册,点击桌面快捷方式可以直接打开,点击cligPlus.bat会存储运行信息,有利于debug。
1),第一次打开,需要配置路径和目录,我就点的默认,后续还可以在软件里添加(Edit->Program paths)。软件说明里着重强调了Temporary directory必需存在,且为可写入状态,否则软件会报错。路径中的'Het Group Dictionary‘需要经常更新(现在更名为Chemical Component Dictionary),如果你下载了RasMol或者PyMOL,也需要手动指定软件所在目录,以方便展示3D效果。
2),打开.pdb文件
File->open->1a95
或者File->open->browse
,选择本地文件;LigPlot里选择你的配体(如PCP),a,可以自定义residue range
,选择是否包含水,Include waters
,选择与水的作用方式Filter waters
,包含两个H键或者作为ligand和receptor之间的连接(不包含只形成一个H键或者只与蛋白形成H键),点击run
即可生成2D作用图片。
3),编辑图片
a,右下角可以选择移动’residues‘或者’atom‘,在atom模式下,有疏水作用的基团无法被移动。
b,与pymol的操作类似,按住鼠标左键可以拖动,按住滚轮或者右键可以放大/缩小
c,右键点击某个原子,会出现一个“旋转箭头”,左键点击可以自由旋转,点击空白处取消选择
d,右键点击单键会出现交叉的双向箭头,左键单击交叉的箭头两侧的原子,可以实现翻转,点击空白处取消选择。
e,右键单击文本,可以编辑名称;如果需要添加文本,则点击On/off按钮,选择’Show blank labels as hyphens‘,这时就会显示‘———’占位符,右击后可修改。
f,保存,输出即可。
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