scanpy结果转为seurat可处理对象
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生信技能树jimmy
发布于 2021-09-15 08:11:08
发布于 2021-09-15 08:11:08
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网上Seurat转scanpy的教程一抓一大堆，然鹅找遍全网都没找到一个靠谱的反向操作方法。唯一找到一个ReadH5AD用起来是这样的：
好吧，可能是大佬们都不需要反向操作，然而本菜鸡实在是用不习惯jupyter那个操作界面，所以就自己反向操作一波吧。。。
首先排除在jupyter notebook直接输出矩阵，毕竟十几二十万细胞的矩阵输出不是闹着玩的，既费时又费内存。所以，是时候祭出reticulate了（以下操作全程在Rstudio进行）：
library(reticulate)
######加载python模块######
scanpy <- import("scanpy")
pandas <- import("pandas")
adata = scanpy$read('./matrix.h5ad') ###载入scanpy输出的h5ad文件
#######导出基因名和样本信息################
meta = adata$obs
gene <- adata$var
#############导出矩阵并转置，scanpy和Seurat的行列是反的#############
adata2 = adata$X
adata2 = adata2$T
此时你就得到了一个稀疏矩阵，然而是没有行名和列名的稀疏矩阵，seurat是不会接受这种输入文件的，像这样：
所以，我们需要给稀疏矩阵加个行名列名，像这样：
adata2@Dimnames[[1]] = rownames(gene)
adata2@Dimnames[[2]] = rownames(meta)
然后就可以转战Seurat了：
merge <- CreateSeuratObject(adata2)
merge <- AddMetaData(merge, meta)
写这么多其实简单封装一下就是一个函数的事情。然而我懒。就算了。
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原始发表：2021-08-24，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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用户9830117
X和T那里是不是有点问题
X和T那里是不是有点问题
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