Linux - awk

less -S Data/example.gtf | cut -f 9 | head
less -S Data/example.gtf | awk -F '\t' '{print $9}' | less -S ## 此时指定分隔符为制表符

cat Data/example.gtf | awk '{print $9,$10}' | head ## 中间用空格连接
cat Data/example.gtf | awk '{print $9$10}' | head ## 直接连接
cat Data/example.gtf | awk '{print $9"@"$10}' | head
cat Data/example.gtf | awk '{print $9"\t"$10}' | head

cat Data/example.gtf | awk '/UTR/{print $0}' | less -S
cat Data/example.gtf | awk '/UTR/{print $1,$3,$4,$5,$7}' | head ## 可以按照输入的顺序输出

less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{print "find UTR feature"} /UTR/{print $0} EBD {print "end"}' | less -S

# 设置OFS以定义输出字段分隔符
cat Data/example.gtf | awk ' BEGIN{OFS=":"}{print $3,$4,$5}' | head

## 使用NR来打印行号
cat Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t"; OFS=":"} {print NR,$9}' | head -5

##判断第三列是否是基因
cat Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene") print $0}' | head -1

## 判断第三列是否是基因，如果不是输出is not gene
less -S Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene"){print $0} else{print $3 "is not gene"}}' | head

## 输出每行的第1-3个
less -S Data/example.gtf | awk '{for(i=1;i<4;i++){print $i}}' | less -S
## 可以通过paste拼回去
less -S Data/example.gtf | awk '{for(i=1;i<4;i++){print $i}}' | less -S | paste - - -

## 匹配外显子并计算长度
cat Data/example.gtf | awk '/exon/{print $5-$4+1}' | head

head Data/example.gtf | less -NS | awk '/ENSEMBL/{print $0}' | less -NS

less -NS Data/example.gtf | awk '{print $10,$12,$14}' | head | sed 's/"//g'| tr -d ';'