跟着Nature Medicine学python：python调用R语言的

看到了一篇数据和代码都公开的论文，论文的题目是 Single-cell meta-analysis of SARS-CoV-2 entry genes across tissues and demographics，论文链接 https://www.nature.com/articles/s41591-020-01227-z#code-availability，数据代码对应的链接 是 https://github.com/theislab/Covid_meta_analysis/。论文中有很多很漂亮的图，非常好的学习素材。我在学习论文中的代码的时候发现Figure1中的图是使用python中的plotnine这个模块画的，这个模块出图效果和R语言里的ggplot2是一样的，语法也是一样的。其中拟合模型的代码调用的是R语言里的包，那么如何在python的代码里调用R语言包呢？今天的推文来学习一下这篇论文里的代码。

这个代码以 ipynb后缀名的文件存储，我打开这个文件的方式是使用 Jupyter lab，安装好anaconda3以后jupyter lab默认就可以使用了。

使用 windows + R 快捷键 输入cmd调出windows的命令行工具

输入jupyter lab按回车就会在默认浏览器里启动

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这里调用r语言包用到的是rpy2这个模块，第一次使用需要先安装，直接用pip命令就可以

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如果想要使用某个包里的函数的话

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这里遇到的问题是

• 1 为什有的包加载的时候需要制定包的位置，有的包就不用
• 2 还有一个问题是如何使用R语言里内置的基础函数呢？
• 3 有没有办法使用ggplot2作图呢？

今天的内容就先到这里了，有时间再来研究这个代码

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