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文章题目:Single-cell Transcriptome Profiling reveals Dermal and Epithelial cell fate decisions during Embryonic Hair Follicle Development 期刊:Theranostics 发表时间:2020.10 DOI:10.7150/thno.44306
本文分析方法比较简单,分析对象主要是E14.5,E16.5,P0小鼠皮肤细胞。选取的时间比较有代表性,分别是E13.5(诱导期)、E16.5(器官生成)胎儿小鼠和新生小鼠(细胞分化阶段,P0)的后层皮肤。分别对表皮、真皮细胞进行一套分析,伪时序细胞轨迹分析、转录调节子富集分析,辅以关键分子的免疫组织化学分析,揭示细胞的异质性和细胞类型命运决策的分子通路。
使用已经报道的marker,做出以下聚类,简单绘制几个细胞群的marker。
E13.5-E16.5 未分化的真皮和表皮细胞分别向DC、IFE和基质前体细胞分化(图A) 。拟时序分析真皮来源的细胞后,发现在毛囊形态发生阶段会发生两个不同的分支。其中分支点2主要由E16.5的细胞组成。分支点一主要由来自P0的细胞组成。
接着,研究重点放在分支点2上。对分支中的基因表达模式进行了差异分析及表征。
SCENIC 算法对DC细胞特化过程中的关键转录因子进行富集分析。Gli1,Hes1,Sox9, Foxd1, Foxp1,Sox18, Prdm1 Sox2等转录因子。
guard hair,awl hair,auchene hair三种毛囊的DP细胞称为G/AA-DP ,zigzag hair中称为ZZ-DP。对本研究中的各种DP 进行描述。下图,图b,不同群DP的差异基因通路富集。图c, branch3表达的基因。图d,将本研究得到的DP 与已经鉴定的DP特征基因比较。有重叠。
对于毛囊发生过程研究主要集中在真皮细胞系中,本文对表皮细胞进行分析。见下图。图B,表皮细胞系在毛囊发育过程中也出现两个分支。第一个分支由E16.5细胞组成,第二个分支由P0细胞组成。差异分析(图C),代表性分支特异性基因随拟时间的表达变化(图D)。皮肤组织中基因的表达情况(图E),SCENIC转录因子富集分析(图F)。
图E,拟时间轨迹上比较类基因表达谱
对毛囊发育过程总的细胞与细胞间的互作信息进行初步预测。
E16.5阶段,基质细胞前体细胞、IFE细胞、DC细胞群体之间有较强的细胞交流。DC细胞中存在很强的自分泌调控作用。
本文
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