Chimera-Intersuface

Intersurf生成并显示蛋白之间的界面曲面。

可以使用鼠标操作，或者命令行进行分析。

选项：

• Solid surface (rather than mesh) -是将界面显示为实体还是网格
• Reuse last surface (if any)）-是否用新的曲面替换任何先前存在的界面曲面（否则，将生成一个附加的曲面模型）
• Select interface atoms-是否选择定义界面表面的原子
• Residue centroid distance pruning-是否忽略质心不在另一组原子中任何残留质心的Prune距离（默认30.0Å）之内的残基

分子偏好决定了两组原子之间的间距应如何划分。界面表面的每个顶点位于两个原子之间，每个原子一组。分子偏压范围从0到1，其中偏压0.5（默认值）使每个界面表面点与两个相应原子的VDW表面等距。

偏差为0.0时，将在分子或链列表中将界面曲面顶点放置在集合的较高VDW曲面上（与选择的顺序无关），而偏差为1.0时，将它们放置在列表中较低位置的集合的VDW曲面中。两组的VDW表面重合的地方，偏置的变化对界面曲面顶点的放置几乎没有影响。

步骤：

1：载入一个蛋白

2：Tools->Surface/BindingAnalysis->Intersurf

3:选择chains->chain C,D -> Apply

4：效果

5：选择color可以进行颜色修改