Rdkit学习-No.5-使用SMARTS根据已有的化学反应生成新分子

###材料：

Ipython qtconsole

python35

###化学反应

羧酸基团与氮的反应(随意定义仅供参考)

###步骤:

(1)导入python的rdkit模块

(2)根据SMARTS定义一个化学反应

(3)输入化学分子进行反应

###代码：

```

import rdkit

from rdkit.Chem import AllChem

from rdkit.Chem import Draw

from rdkit.Chem.AllChem import ReactionFromSmarts

rxn = AllChem.ReactionFromSmarts('[C:1](=[O:2])-[OD1].[N:3]>>[C:1](=[O:2])[N:3]')

#定义一个反应，采用SMARTS格式

#解释这个SMARTS，第一个反应物限制：[C:1](=[O:2])-[OD1]，羧基，侧链为(=[O:2])，O双键与C相连，第二个反应物限制：[N:3]，基团带N原子

Draw.ReactionToImage(rxn)

#画出反应式

pr = rxn.RunReactants((Chem.MolFromSmiles('CC(=O)O'),Chem.MolFromSmiles('NC')))

#两个反应物按照定义好的rxn进行反应

type(pr)

#pr按照元组格式进行存储

len(pr)

#查看产物个数，只有一个产物生成

Chem.MolToSmiles(pr[0][0])

#产物转化为SMILES格式，CNC(C)=O

Draw.MolToImage(pr[0][0])

#显示产物

#明显看到N原子的价键不正确

Chem.SanitizeMol(pr[0][0])

#标准化其价建

Draw.MolToImage(pr[0][0])

#再次查看,完全规范

```