Pymol制作优质的蛋白配体结合图像--空间互补

##材料

蛋白：1STP

软件：PyMOL(TM) 2.3.0 （Edu）

##目的 使用pymol展示配体分子与蛋白结合的模式

##步骤

###1：蛋白导入 此次选用的蛋白为1STP可以直接从PDB官网下载文件，或者直接在命令行框中输入 fetch 1stp

###2：查看结构 如下图所示，蛋白一般以cartoon模式展示，而小分子则是以sticks模式展示，周围环绕的红色点状物质为水分子。点击右下方红色框内S字母，在命令行框下方会显示出蛋白序列。拉动横轴，可以观察到绿色部位为蛋白序列，灰色为蛋白缺失部位，300处的BTN字母代表蛋白配体，红色的0代表水分子。

###3：操作配体 首先选中配体，两种方式（1）：在蛋白序列中点击300下的BTN。（2）在图像中直接点击配体。此两种方式无优劣之分。选中配体后，配体上会出现红黑的小点，此时点击（sele）右边的A字符，选择extract object将配体输出到一个新的object中。

###4：选中obj01，点击其右侧的S字符，选中Spheres。

###5：选中1stp，点击其右侧的A字符，下拉菜单中选中remove water。点击其右侧的S字符，下拉菜单中选中surface。点击其右侧的C字符，下拉菜单中选中grays，选择white。

###6：保存高清图像 File —–> Export Image As ,后面自便。##结果：