RDKit | 基于RDKit和k-均值对化合物进行非分层聚类
RDKit | 基于RDKit和k-均值对化合物进行非分层聚类
DrugOne
发布于 2021-02-01 10:09:34
发布于 2021-02-01 10:09:34
具有高相似性的分子组合可以改写为在化合物空间（化学空间）中具有短距离。在这种情况下，“相似性”和“距离”可互换使用。通过选择相距较远的化合物，可以构建各种化合物库。
如何建立高度多样化的化合物库：
- 聚类方法
- 基于距离的方法
- 基于分类的方法
- 使用优化方法的方法
使用k-means方法（一种非分层聚类方法）从化合物库中选择“多样化”化合物。
基于RDKit和k-均值对化合物进行非分层聚类
导入库
from rdkit import rdBase, Chem, DataStructs
from rdkit.Chem import AllChem, Draw
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
%matplotlib inline
print(rdBase.rdkitVersion)载入数据
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原始发表：2020-03-12，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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