Loading [MathJax]/jax/input/TeX/config.js
前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
圈层
工具
发布
首页
学习
活动
专区
圈层
工具
MCP广场
社区首页 >专栏 >从ORCA中获取Gaussian格式的重收缩def2系列基组文件

从ORCA中获取Gaussian格式的重收缩def2系列基组文件

作者头像
用户7592569
发布于 2021-01-28 07:40:09
发布于 2021-01-28 07:40:09
2.5K00
代码可运行
举报
文章被收录于专栏:量子化学量子化学
运行总次数:0
代码可运行

该基组用途请阅读卢天老师博文《使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算》,链接:

http://sobereva.com/581

该基组(目前)有定义的元素范围为H-Kr,均为全电子基组,适用于全电子相对论计算。

该基组为ORCA内置,目前BSE基组库上没有。最近在MOKIT中加入了小程序mkl2gjf,可以将基组数据导出。基组数据已做过un-normalized处理,可直接用于Gaussian自定义基组的计算。可在帖子

http://bbs.keinsci.com/thread-21352-1-1.html

中的附件下载,内含

  • DKH-def2-SVP and ZORA-def2-SVP
  • DKH-def2-SV(P) and ZORA-def2-SV(P)
  • DKH-def2-TZVP and ZORA-def2-TZVP
  • DKH-def2-TZVP(-f) and ZORA-def2-TZVP(-f)
  • DKH-def2-TZVPP and ZORA-def2-TZVPP
  • DKH-def2-QZVPP and ZORA-def2-QZVPP
  • ma-DKH-def2-SVP and ma-ZORA-def2-SVP
  • ma-DKH-def2-SV(P) and ma-ZORA-def2-SV(P)
  • ma-DKH-def2-TZVP and ma-ZORA-def2-TZVP
  • ma-DKH-def2-TZVP(-f) and ma-ZORA-def2-TZVP(-f)
  • ma-DKH-def2-TZVPP and ma-ZORA-def2-TZVPP
  • ma-DKH-def2-QZVPP and ma-ZORA-def2-QZVPP

两种使用方式,任选其一:

(1)自己手动拷贝出需要用到的原子的基组数据;

(2)在gjf文件中对基组文件进行引用。

方式(1)使用举例:用高斯算H2分子,RHF/DKH-def2-SVP,用DKH2哈密顿,输入文件如下:

代码语言:javascript
代码运行次数:0
运行
AI代码解释
复制
#p RHF/gen nosymm int(nobasistransform,DKH2) iop(3/93=1)

title

0 1
H   0.0   0.0   0.0
H   0.0   0.0   0.6

@DKH-def2-SVP.txt

ORCA输入文件:

代码语言:javascript
代码运行次数:0
运行
AI代码解释
复制
! RHF DKH-def2-SVP VeryTightSCF
%maxcore 1000
%rel
method DKH
order 2
end
%scf
Thresh 1e-12
Tcut 1e-14
end
* xyz 0 1
H   0.0   0.0   0.0
H   0.0   0.0   0.6
*

两者电子能量均为-1.1127713 a.u. ,严格一致。这里解释一下为何输入文件有很多不常用的关键词:

(1)高斯默认采用Gaussian function distribution,指定iop(3/93=1)则改为point nuclei charge distribution,后者是ORCA中默认的设置。为严格对比,此处增添了很多设置。

(2)若你不将高斯与ORCA严格对比,高斯中无需写nosymm, nobasistransform和iop(3/93=1),ORCA中无需写VeryTightSCF, Thresh和Tcut。

若对如何生成基组文件不感兴趣,看到这里即可。

下文介绍如何方便地生成这些基组文件,也可以自己用于其他用途。

首先创建ORCA输入文件DKH-def2-SVP.inp,包含H-Kr元素,坐标任意:

代码语言:javascript
代码运行次数:0
运行
AI代码解释
复制
%maxcore 2000
! RHF DKH-def2-SVP noiter
%scf
DryRun True
end
* xyz 0 1
H    0.0   0.0    0.0
He   0.0   0.0    1.0
Li    0.0   0.0    2.0
...
Kr   0.0   0.0   35.0
*

提交任务,几秒即结束。获取mkl文件:

代码语言:javascript
代码运行次数:0
运行
AI代码解释
复制
orca_2mkl DKH-def2-SVP -mkl

获取gjf文件,内含坐标、基组:

代码语言:javascript
代码运行次数:0
运行
AI代码解释
复制
mkl2gjf DKH-def2-SVP.mkl

若加上参数-mo,还可以将轨道写入gjf文件,但此处我们坐标是随意写的,更用不到轨道。mkl2gjf小程序,可以在

https://gitlab.com/jxzou/mokit

免费下载(命令行执行make mkl2gjf即编译mkl2gjf)。

为了更方便起见,还可将gjf里的基组数据转化为以后每次可以引用的txt文件:

代码语言:javascript
代码运行次数:0
运行
AI代码解释
复制
gfortran replace_int_with_elem.f90 -o replace_int_with_elem
./replace_int_with_elem DKH-def2-SVP.gjf

即将其中的每个序号替换为 -元素符号 这种格式。对其他基组,将一开始的DKH-def2-SVP基组名称改一下,重复该步骤即可。输入文件DKH-def2-SVP.inp和代码replace_int_with_elem.f90都在上述压缩包input文件夹下。

注意1:ORCA的.mkl文件有个缺陷,即不含赝势信息。若有赝势,在使用完mkl2gjf小程序后,应自行添加赝势数据进gjf文件。全电子基组无此问题。

注意2:此为ORCA内置基组,本人只是转化了格式,仅能保证转化正确,而不对该基组的正确性、精度等问题负责。

编程爱好者可尝试:完成此事不止一种做法,也可以在ORCA输入文件里加PrintBasis关键词然后从ORCA输出文件中读取、转化基组格式,这样不用做un-normalized处理,比处理mkl里的基组数据还简单。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2021-01-19,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 量子化学 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
暂无评论
推荐阅读
编辑精选文章
换一批
CASSCF初始轨道高效构建(一):局域轨道
本公众号前期发过两篇CASSCF方法计算的入门教程《用Gaussian做CASSCF计算》和《激发态计算之如何选取特定的分子轨道作为活性空间》。若有读者从未接触过CASSCF计算,建议先看上述两篇介绍。一个较为顺利的CASSCF计算强烈依赖于以下两个因素,缺一不可:
用户7592569
2021/04/07
4.6K0
XYG3型泛函在ORCA中的使用
本篇文章中我们讨论XYG3型泛函在ORCA中的使用方法。关于XYG3型泛函的介绍可见上期链接。
用户7592569
2022/03/31
1.5K0
利用MOKIT从ORCA向其他量化程序传轨道
(1)在ORCA中进行了RIJK或RIJCOSX加速的大体系HF/DFT计算,想传轨道给其他程序进行后续计算,或想产生fch文件方便可视化。
用户7592569
2023/09/03
6870
利用MOKIT从ORCA向其他量化程序传轨道
用ORCA计算旋轨耦合矩阵元
旋轨耦合的理论涉及相对论量子力学,此处仅以定性的形式粗略介绍相关背景。相对论效应是指进行电子结构计算时Dirac方程与Schrödinger方程这两个理论模型之间的差别。Dirac于1928年建立了电子运动的相对论方程——Dirac方程,但是Dirac本人却认为在化学问题中,价电子受内层电子的屏蔽,其运动速度比光速小很多,相对论效应很小。但在后来的研究中,人们逐渐认识到相对论效应的重要性。自旋-轨道耦合(spin-orbit coupling, SOC),简称旋轨耦合,是一种相对论效应,指电子的自旋和轨道运动之间的相互作用。在非相对论量子力学中,自旋态改变的跃迁是禁阻的;当考虑旋轨耦合时,这样的过程才能发生,比如系间窜越(intersystem crossing, ISC)、磷光发射等过程。在《用高斯计算磷光发射能》一文中我们提到,用TD-DFT直接计算T1和S0之间的跃迁,得到的振子强度始终为0,只有当考虑旋轨耦合后,振子强度才不为0。
用户7592569
2021/08/10
3.7K1
用ORCA计算旋轨耦合矩阵元
自动做多参考态计算的程序MOKIT
本公众号之前发过几篇多组态(multi-configurational)方法的介绍:
用户7592569
2021/01/04
2.4K0
自动做多参考态计算的程序MOKIT
从密度矩阵产生自然轨道_实战篇(上)
本公众号之前发过自然轨道的原理介绍,详见《从密度矩阵产生自然轨道-理论篇》和《S^(1/2)的一些性质》。对其中原理和公式熟悉的读者,可以自己编写代码从密度矩阵产生自然轨道,无需阅读本文。笔者也写过这部分代码,可以提供一个参考
用户7592569
2020/11/06
3.1K0
从密度矩阵产生自然轨道_实战篇(上)
Spin-flip方法中RODFT难收敛解决办法
最常见的Spin-flip方法为SF-CIS和SF-TDDFT,它们一般以高自旋三重态为参考态波函数,将一个alpha电子翻转为beta电子,产生满足<
用户7592569
2024/05/03
3660
Spin-flip方法中RODFT难收敛解决办法
谈谈Gaussian软件中的guess=mix
笔者经常碰到小伙伴在用Gaussian软件计算涉及自由基的反应时,不清楚何时该加关键词guess=mix,何时不该加;也可能会有师兄/老师这样告诉新手:碰到自由基一律用guess(mix,always)。前者可能量化基础不扎实,碰到这类问题不懂;后者则可能缺乏实际计算经验。趁假期有空,正好写上一篇,详细解释一下。当然,笔者写的绝对不是标准答案,只能力求合理性和正确性,仅供对这个问题不清楚的小伙伴们参考。
用户7592569
2020/07/27
3.8K0
谈谈Gaussian软件中的guess=mix
用ORCA做结构优化及轨迹查看
用ORCA做结构优化的关键词非常简单,与Gaussian类似,直接写上opt即可,同样也可以使用opt freq的组合,在优化完结构之后进行频率计算。示例如下:
用户7592569
2020/07/27
4.4K0
用ORCA做结构优化及轨迹查看
MOKIT已支持Turbomole轨道的传入传出
MOKIT从v1.2.6rc23版本起已支持量子化学软件Turbomole产生的分子轨道文件的传入和传出,涉及的主要小程序名称为fch2tm和molden2fch。fch2tm有以下功能:
用户7592569
2024/03/02
2760
MOKIT已支持Turbomole轨道的传入传出
利用常见的程序做轨道局域化
本文主要介绍一下如何利用常见的程序做轨道局域化(也称定域化),为后续多参考态计算系列篇做点铺垫。轨道局域化的简介可参看《局域分子轨道简介》一文。至于如何自己写轨道局域化的代码,这又是另一个话题,以后再介绍。
用户7592569
2020/07/27
3K0
利用常见的程序做轨道局域化
GKS-EDA计算简介
GKS-EDA是一种常见的能量分解方法,用于将结合能分解为各个组分,便于比较类似体系间各能量组分分别有多大影响。由于是在DFT水平下做计算,可计算的体系颇大(相比于PSI4里的SAPT2+/aug-cc-pVDZ和SAPT2+(3)δMP2/aug-cc-pVTZ而言)。有不少同学询问笔者如何使用及经常碰到SCF不收敛问题,因此写一篇介绍一下。笔者不是GKS-EDA开发人员,不能保证该文安装过程与将来官方发布的一致。若以后官方更新程序或更新安装方式,不保证此文步骤仍适用。有不妥之处还请各位EDA老司机指正。
用户7592569
2022/05/17
1.7K0
XYG3泛函在常见软件中的使用方法(一)
XYG3型泛函是一类重要的双杂化泛函,包括XYG3, XYGJ-OS, XYG7等。其中XYG3泛函由张颖、徐昕和W. A. Goddard III于2009年在PNAS杂志上发表。由于这类泛函使用了不同泛函来计算密度和能量(即能量泛函是非自洽的),使得用户往往不能简单地在常见程序中使用。目前,通过内置或非内置的形式可以做XYG3型泛函计算的程序包括但不限于:Q-Chem, Gaussian, PySCF, FHI-aims, ORCA, ...
用户7592569
2021/06/16
1.7K0
利用MOKIT从PySCF向其他量化程序传轨道
MOKIT是免费、开源的轨道转换和接口程序,提供各种小程序和模块,能够在常见量子化学软件间传递分子轨道。其中的automr程序可以进行多参考态方法的自动化、黑箱式计算,详细介绍见《自动做多参考态计算的程序MOKIT》。近期笔者和另一开发者wsr在MOKIT程序中加入了fchk(),py2molpro,py2molcas,py2qchem等模块,可用于从PySCF程序向其他量子化学程序传递分子轨道。尤其是通过fchk()产生.fch文件,可方便地用于轨道可视化、波函数分析。
用户7592569
2022/12/07
1.4K0
量子化学软件Amesp简介
Atomic and molecular electronic structure program (Amesp)是由张英峰独立开发的一款GTO框架的闭源免费的量子化学软件,软件由Fortran语言编写,软件网址为www.amesp.xyz。Amesp软件支持多种WFT方法和DFT方法及其一阶和二阶解析导数,可进行几何结构优化以及振动分析,支持激发态计算,并可以考虑溶剂化以及相对论效应。同时可以使用RI和COSX等近似方法加快能量和能量导数的计算。SCF采用多种方法提高收敛的稳定性和速度,具体的功能介绍如下:
用户7592569
2023/09/03
5870
量子化学软件Amesp简介
》》初识移动端–rem
转载于:https://www.cnblogs.com/1007573044qqcom/p/7988336.html
全栈程序员站长
2022/09/15
9010
【数据分析报告】携程客户分析与流失预测
携程作为中国领先的综合性旅行服务公司,每天向超过2.5亿会员提供全方位的旅行服务,因此每天都会产生海量的用户行为数据,这些数据蕴含着丰富的信息资源。另外,客户是企业的重要资源,也是企业的无形资产,客户的流失,也就意味着资产的流失,因此客户流失率是考量业务成绩的一个非常关键的指标。
全栈程序员站长
2022/11/02
7.2K0
【数据分析报告】携程客户分析与流失预测
微信小程序中-[渲染层网络层错误] pages/card/card.wxss 中的本地资源图片无法通过 WXSS 获取-解决办法
2. base64 将图片转换为base64,转换图片网址,转换后将得到的字符放在background-image属性值原位置处
全栈程序员站长
2022/09/12
1.2K0
微信小程序中-[渲染层网络层错误] pages/card/card.wxss 中的本地资源图片无法通过 WXSS 获取-解决办法
2021第四届浙江省大学生网络与信息安全竞赛预赛部分Writeup
纯签到题,题目给了一个网址,直接burpsuite抓包,在响应头上拿到flag
全栈程序员站长
2022/09/14
8100
2021第四届浙江省大学生网络与信息安全竞赛预赛部分Writeup
Data URI scheme「建议收藏」
data URI scheme 允许我们使用内联(inline-code)的方式在网页中包含数据,目的是将一些小的数据,直接嵌入到网页中,从而不用再从外部文件载入。常用于将图片嵌入网页。
全栈程序员站长
2022/11/02
5670
相关推荐
CASSCF初始轨道高效构建(一):局域轨道
更多 >
领券
💥开发者 MCP广场重磅上线!
精选全网热门MCP server,让你的AI更好用 🚀
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档
本文部分代码块支持一键运行,欢迎体验
本文部分代码块支持一键运行,欢迎体验