LAMMPS的命令行
LAMMPS基于C++程序语言编程,没有类似其他商用软件的直观的用户交互界面。因此,模拟体系的建模、能量控制、粒子间相互作用、初始位置与速度和计算迭代都需要通过输入命令行实现。熟悉LAMMPS的输入命令是学习分子动力学模拟的基础。
利用LAMMPS进行分子动力学模拟的主要命令可以分为五类,本文主要介绍了第一类“粒子与盒子建模”命令的使用方法,包括命令:units, atom_style, boundary, lattice, region, create_box, create_atom。
LAMMPS命令分类:
1. units命令
语法
unit style
style可能是:lj, real, metal, si, cgs, electron, micro, nano
举例
units metal
units lj
说明
该命令为模拟体系的所有物理量设置单位。包括in文件,势函数文件,data文件,log文件和输出文件,全部采用该命令所设置的单位体系。在可选的单位类型中,除了lj类型,其他单位的定义及转换系数可在美国国家标准与技术研究院官网上查询(www.physics.nist.gov)。以下列出各个单位选择的具体信息:
real类型
质量:g/mol