免疫浸润：生信论文31 方法写作（oncomine）

生信论文的套路

1. ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；
2. 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要；
3. Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性；
4. cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制一）；
5. STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）；
6. TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。

对于从数据库获得的处理和呈现，我们还要用语言进行描述，处理过程就是材料和方法（Materials and Methods），呈现就是结果（Results）。如何用地道的语言将其描述出来，也需要我们积累和学习。

oncomine数据库的全景热图，散点图和差异表达三线图都有其内在的逻辑，在语言叙述的过程种，如何表达呢。

第一句阐释目的，引出oncomine数据库。

第二句阐释分析的对象（肿瘤和正常组织）。

第三句描述分析类型（DNA和mRNA）。

第四句是筛选条件，是必须表述清楚的地方。

To investigate the expression levels of the PD-1, CTLA4, TIM-3 and LAG-3 genes across various cancers, the Oncomine database (https://www.oncomine.org/resource/login.html) was used. Only analyses concerning on gene expressions between tumor tissues and normal adjacent tissues were eligible for further analysis. Data types included both DNA and mRNA subtypes in the present analysis. The parameters for analysis were set as the following values: p-value of 0.001, fold change of 1.5 and gene ranking of all.

特别说明，p值=0.001，fold change=1.5，gene rank=all。

写作的前提是应用，条件设置等是可以变化的。但是，写作不是抄袭，而是再创造，用自己的语言重新定义数据库的使用和数据呈现，因此不是一件轻松简单的复制、粘贴。

最后，别忘记引用文献。

Oncomine 3.0: Genes, Pathways, and Networks in a Collection of 18,000 Cancer Gene Expression Profiles.