根据barcode过滤bam文件

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发布于 2020-08-14 16:38:22

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10x 单细胞产生的BAM文件可以根据所需的barcode进行过滤。首先，将所需的cell barcode条形码放入 filter.txt中。并在barcode前面加上CB:Z:，以确保专门过滤BAM文件中的该标记，格式如下所示：

其次，将$ BAM_FILE设置为要过滤的BAM文件的位置及名称。例如，如果BAM文件被命名为“ possorted_genome_bam.bam ” ，则使用以下命令。

export BAM_FILE='/your path /possorted_genome_bam.bam'
# Save the header lines
samtools view -@ 16 -H $BAM_FILE > SAM_header

# Filter alignments using filter.txt. Use LC_ALL=C to set C locale instead of UTF-8
samtools view -@ 16 $BAM_FILE | LC_ALL=C grep -F -f filter.txt > filtered_SAM_body

# Combine header and body
cat SAM_header filtered_SAM_body > filtered.sam

# Convert filtered.sam to BAM format
samtools view -@ 16 -b filtered.sam > filtered.bam

参考： https://kb.10xgenomics.com/hc/en-us/articles/360022448251-Is-there-way-to-filter-the-BAM-file-produced-by-10x-pipelines-with-a-list-of-barcodes-

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