生信论文的套路
在差异分析的前提下,表型分析成为重点内容,也是可以玩出花样的地方。生存分析是非常常见的表型分析。与生存分析相比,相关性分析是另外一个常见的表型分析。相关性包括表达与病理分期、治疗手段、年龄、种族、吸烟、突变、性别、共表达等因素的相关情况,通常用相关系数R表示,其差异也是用p值判断。严谨的生信论文还对分析结果做出ROC曲线,以提高数据的可信度和说服力。
相关性分析数据库
Kaplan-Meier Plotter(临床相关性分析权威数据库,推荐)
http://kmplot.com/analysis/
GEPIA(病理分期相关性分析)
http://gepia.cancer-pku.cn/detail.php?gene=&clicktag=survival
UALCAN(种族、年龄、吸烟、突变等相关性分析,与km plotter的结果呼应)
http://ualcan.path.uab.edu/
Coexpedia数据库(共表达分析)
http://www.coexpedia.org/search.php
TIMER数据库(免疫细胞分子共表达分析)
https://cistrome.shinyapps.io/timer/
STRING(相互作用分子的分析)
https://string-db.org/cgi/input.pl?sessionId=iCNtss66oYVc&input_page_show_search=on
cBioPortal(Top50临近基因的相互作用分析)
https://www.cbioportal.org/
生存分析数据库
Kaplan-Meier Plotter数据库(生存分析经典数据库,首选)
http://kmplot.com/analysis/
PrognoScan数据库(生存分析信息最全面的数据库,次选)
http://dna00.bio.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html
GEPIA(国人之光,相关性分析是特色)
http://gepia.cancer-pku.cn/detail.php?gene=&clicktag=survival
UALCAN(甲基化是特色)
http://ualcan.path.uab.edu/
Oncolnc数据库(连mRNA, miRNA, or lncRNA也可以做生存分析)
http://www.oncolnc.org/
cBioPortal(组学分析神器也能做生存分析)
https://www.cbioportal.org/
差异分析数据库
oncomine数据库(差异分析首选)
https://www.oncomine.org/resource/main.html
GEPIA数据库(共表达是特色)
http://gepia.cancer-pku.cn/index.html
TIMER(免疫浸润分析是特色)
https://cistrome.shinyapps.io/timer/
HCCDB(肝癌数据库)
http://lifeome.net/database/hccdb/home.html
UALCAN(甲基化是特色)
http://ualcan.path.uab.edu/
CCLE(基因在细胞系的表达)
https://portals.broadinstitute.org/ccle/
THE HUMAN PROTEIN ATLAS (人类蛋白图谱)
https://www.proteinatlas.org/
Gene Expression Omnibus (基因表达数据库,R语言基础)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/