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使用eggnog-mapper进行功能注释

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生信小王子
发布2020-08-10 17:23:05
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发布2020-08-10 17:23:05
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文章被收录于专栏:生信小王子

对于许多做非模式生物的同学来说,没有现成的功能注释可用是非常难受的一件事。而blast2go虽然可以一步到位帮你完成功能注释,但它是收费的。这时,我们可以使用eggnog-mapper进行功能注释。

eggnog-mapper现在已经更新到了V2版本,需要在Python2.7环境下运行,并保证有超过40G的存储空间存放数据库。

代码语言:javascript
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## 下载eggnog-mapper V2版本
git clone https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper.git

目前,eggNOG数据库已经更新到了5.0版本,收集了更为全面的物种和更多的蛋白序列信息,在进行注释前我们需要先把数据库下载下来。

代码语言:javascript
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## 下载
python ./download_eggnog_data.py

直接使用命令下载数据库的话速度非常慢,我们可以使用迅雷或者其他工具下载。

下载地址分别为:

http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog.db.gz

http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog_proteins.dmnd.gz

下载好后移至eggnog-mapper安装目录的data文件夹下并解压。

解压好之后就可以进行功能注释了。

代码语言:javascript
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## 功能注释
python emapper.py -i pep.fa --output out -m diamond --cpu 12

-i:输入蛋白序列。

--output:输出文件前缀。

-m diamond:使用DIAMOND进行序列比对。

--cpu:使用的线程数。

使用DIAMOND进行比对的速度非常快。30万条序列用12个线程注释花了5个多小时。

注释完成后会输出两个文件,emapper.annotations为后缀的文件记录了注释结果。

文件一共有22列:

代码语言:javascript
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2. seed eggNOG ortholog 在eggNOG中比对到的最佳结果

大家可以根据自己的需求提取对应的信息。

参考资料:

https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-mapper-v2

https://www.jianshu.com/p/e646c0fa6443

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2020-03-13,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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