NGS中的kmer分析方法的应用

kmer计数是许多比对工具、基因组组装程序和各种各样的基因组分析工具（例如基因分型、宏基因组学分析等）的基础。它是生物信息学中最重要的一类算法。大名鼎鼎的blast就是基于kmer算法开发的。

最近生信大神李恒开源了其kmer-cnt工具在https://github.com/lh3/kmer-cnt，大家可以自行下载并分析测试。其实现了基本的k-mer计数算法，使用先进的信息工程学技巧，对内存使用和性能达到了新的高度。

本人列出了kmer分析的一些应用领域，欢迎大家补充:

1. 病原微生物快速定性定量
2. RNAseq表达量分析
3. CNVseq/NIPT/PGS之read计数
4. rRNA或其他特定序列数据库的反向过滤等
5. CRISPR guide RNA设计
6. 基于kmer的NGS数据压缩
7. fastq/fasta格式数据冗余度分析
8. 序列比对（blast、MAQ、Mosaik等）
9. 基因组组装
10. 测序深度估算
11. 基因组大小评估
12. 评估基因组杂合度及重复序列
13. 评估测序质量（错误率）
14. 检查样本纯度（是否存在较多其他物种DNA的污染）