“ 网络药理学是发展创新药物的重要途径。”
网络药理学是基于系统生物学理论而产生的一门新学科。
近年来,特别流行通过网络药理学进行药物的靶点预测,进一步实验验证,一定程度上简化了“盲人摸象式”的前期研究,也增强了最终确定的靶点可信度。即所谓的“干实验+湿实验”。
网络药理学的研究过程需要接触大量的数据库和专业网站,这是保证靶点预测准确度的前提,也是网络药理学的基本功。
因此,如果你想要做网络药理学相关的研究或分析,那么以下网站你必须得熟练查阅。
这里有一个汇总,供参考。
网站名字 | 网站地址 |
---|---|
TTD | https://db.idrblab.org/ttd/ |
Drugbank | https://www.drugbank.ca/ |
DisGeNET | http://www.disgenet.org/web/DisGeNET/menu/home |
OMIM | http://www.omim.org/ |
KEGG | http://www.kegg.jp/ |
PharmGkb | https://www.pharmgkb.org/ |
GAD | https://geneticassociationdb.nih.gov/ |
HAGR | http://genomics.senescence.info/ |
T-HOD | http://bws.iis.sinica.edu.tw/THOD |
CardioGenBase | http://www.CardioGenBase.com/ |
arrhythmia database | http://www.fsm.it/cardmoc/ |
OncoDB.HCC | http://oncodb.hcc.ibms.sinica.edu.tw/index.htm |
Liverome | http://liverome.kobic.re.kr/index.php |
Uniprot | http://www.uniprot.org/ |
DAVID | https://david.ncifcrf.gov/ |
STRING | https://string-db.org/ |
BioGRID | https://thebiogrid.org/ |
IntAct | https://www.ebi.ac.uk/intact/ |
HPRD | http://www.hprd.org/ |
GENEMANIA | http://genemania.org/ |
TCMSP | http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php |
TCMID | http://www.megabionet.org/tcmid/ |
TCM Database@Taiwan | http://tcm.cmu.edu.tw/ |
TCMGeneDIT | http://tcm.lifescience.ntu.edu.tw/ |
BATMAN-TCM | http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/ |
TCM-PTD | http://tcm.zju.edu.cn/ptd/ |
TCM-MESH | http://mesh.tcm.microbioinformatics.org/ |
PubChem | https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ |
HIT | http://lifecenter.sgst.cn/hit/ |
Binding DB | http://www.bindingdb.org/bind/index.jsp |
ChemBank | http://chembank.broadinstitute.org/ |
ChemMapper | http://lilab.ecust.edu.cn/chemmapper/ |
ALOGPS2.1 | http://www.vcclab.org/lab/alogps/ |
SwissTargetPrediction | http://www.swisstargetprediction.ch/ |
PharmMapper | http://lilab.ecust.edu.cn/pharmmapper/index.php |
SEA | http://sea.bkslab.org/ |
STITCH | http://stitch.embl.de/ |
PASS | http://www.pharmaexpert.ru/PASSOnline/ |
SuperPred | http://prediction.charite.de/ |
DRAR-CPI | http://cpi.bio-x.cn/drar/?page=home |
Cytoscape | http://www.cytoscape.org/ |
COXPRESdb | http://coxpresdb.jp/ |
MetaboAnalyst | http://www.metaboanalyst.ca/ |
DAVID | https://david.ncifcrf.gov/ |
Metascape | http://metascape.org/ |
GEO | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ |
CMAP | https://portals.broadinstitute.org/cmap/ |
affymetrix | https://www.affymetrix.com/analysis/netaffx/batch_query.affx?netaffx=netaffx4_annot |
Venny2.1 | http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html |
Venn diagram | http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ |
E Chart | http://www.ehbio.com/ImageGP/ |
注:以上网站大多属于国外运营,有时会打不开,并不是网址有误。这种情况也是做网络药理学分析时最不愿意看到的。所以有点子了,就赶紧检索并即时备注检索时间和存储数据,别无他法。
The end.