“ 一文讲清楚IPP测量面积、面积比。”
很多小伙伴辛辛苦苦做病理实验,采集图像,但是到了分析图像时就卡壳了。
充分利用Image Pro Plus(简称IPP),将帮助我们获得更多客观的数据,既增强了说服力,也充实了文章数据体量。
本期,小编打算讲一讲IPP测量图片中目标元素的面积或面积比。
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重要概念
1、什么是AOI?
AOI全称“area of interest”,即你感兴趣的区域。IPP是一款软件,它无法知道我们到底要测量图中的什么元素。因此,我们必须人为设定图片中需要测量的元素,IPP才能准确分析。如此,可以将问题分为两个。
第一,所测图片中布满了你需要分析的元素,几乎没有其它干扰或空白。此时,不用再选择AOI,默认整张图片就是你感兴趣的、需要测量的元素。
如下图(图为心肌梗死后心肌纤维化,Masson染色),图中充满心肌和胶原,仅有非常小的空隙,此时若分析“胶原比例”这一数据,则整张图就是AOI。这也提示我们,如果分析这样的图片,在采集图像时我们需尽量避开空白区和干扰区,否则会影响测量结果。
第二,所测量的元素仅占图片一部分,其它位置为空白或者你并不想测量。此时,必须在IPP上手动圈出AOI,然后才能进行分析AOI中的元素。
如下图(图为心梗后心脏横断面,Masson染色)。很明显,图中存在大量的空白区域,分布于心脏之外和心腔。此时若要分析图中心肌组织,则必须要设定AOI。血管、空腔脏器等以此类推。
2、什么是面积和面积比?
每一张图像,都是由非常多的像素方块组成。图中某个元素的面积是组成该元素的像素数与单个像素的面积,在IPP中测量指标为“Area”。同一倍数下采集的图片像素面积是一定的,因此可以将面积比较简化为像素数量的比较,最终用像素数量代替也是可以的。同理,图中不同元素之间的面积比也是其像素数量之比,在IPP中测量指标是“Per Area (Object/Total)”。
综上可以看出,正确的选定AOI是大前提,也是最重要的。测量指标是机械的。下面,小编就以测量胶原容积分数为例,将2种情况详细说明。
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全图为AOI
步骤:
(1)打开IPP软件,点击file-open,打开一张你要测量的图片。点击count and measure object。
(2)在弹出的方框中选择如下,进入测量指标界面。
(3)在弹出的方框左侧点击面积、面积比。点击OK。
(4)选择Munual手动,选择Select color。
(5)如果你的图像染色对比度高,则在color cube based模式下,选择箭头指示的吸管工具。然后多次点击图像中的不同位置的蓝色胶原,直到将所有的胶原标记为红色。点错了就选吸管工具旁边的返回键按钮或消除所有标记按钮。这种模式即RGB模式,适合心灵手巧染色好的朋友使用。
(6)如果你的图像染色对比度较低,不同颜色之间区分度不高,则在Histogram Based模式下(一定要将右侧圆框中修改为HSI),左右拖动箭头所指的竖线,直到将所有的胶原标记为红色。目的都是一样的,只是选色方式不同而已。HSI模式更符合实际,毕竟实验不好做嘛......逃。
(7)标记好之后,点击close。点击count,见图中出现绿色数值。进一步点击View中的statistics,弹出的方框即时测量结果。结果看Sum值,可得出图片胶原比例为0.423179。
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部分元素为AOI
有了上面的基础,这一部分小编就只重点说如何选择AOI,后面的测量步骤不再赘述,操作完全一样。
步骤:
(1)打开IPP软件,点击file-open,打开一张你要测量的图片。点击箭头指示的Irregualr AOI(我们要感兴趣的区域大多不规则),弹出下面的长条框,这种模式是手动勾勒AOI。
(2)第一次,勾勒心脏外轮廓。单击左键,慢慢勾勒图中心脏轮廓(超实用技巧就是双击左键,IPP会自动勾勒一部分的轮廓,比咱们勾勒的更精确),勾勒结束后单击右键,轮廓线变成绿色。
(3)第二次,勾勒心腔轮廓。先点击箭头所指的multiple AOI,点击Add,点击NEW AOI按钮,新建一个AOI工具。
(4)第二次,勾勒心腔轮廓。操作方法同上,得到下图的效果。
(5)接下来,完全参照小编在第二部分的操作步骤。标记图中蓝色的胶原,并设定检测指标,如面积Area、面积比Per Area (Object/Total),分析、并输出相应的检测结果。
总结:
IPP分析图像面积、面积比的详细步骤基本结束,小编认为基本可以适用于大多数场景了,也是没有问题的。此外,还有一些非常细节的内容,可以一定程度地提高分析的精准度,例如如何过滤元素中的小孔洞、如何过滤杂点的影响等等,小编今后再详细说明,避免与本期内容混杂。
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完结,撒花!
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