今天的推文内容主要涵盖:集合& 列表生成式(统计ATCG含量);函数与模块(内置函数),下面就进入正题:
我们常说的Python五大标准的数据类型为:
还有一个数据类型日常用的比较少,因此没有怎么涉及。直到最近看到的一个案例,到也是一个方法。
我将例子简化到核心,需求为 统计一条序列的中 ATCG的含量,直接上代码:
myseq = 'CTAGCGCcttagcatcctatcatgttcacNNNATCTCTAGCGCGGCAT'
print([x+'% :{:.2%}'.format(myseq.count(x)/len(myseq)) for x in set(myseq.upper())])
上面的代码主要是两个点(1)列表生成式;(2)集合
上期我们提到的表达式:
[exp for iter_var in iterable]
也就是说,一般情况下,我们去遍历ATCG,上述的代码也会根据下面的步骤进行:
myseq = 'CTAGCGCcttagcatcctatcatgttcacNNNATCTCTAGCGCGGCAT'
for x in set(myseq.upper()):
print(x+'% :{:.2%}'.format(myseq.count(x)/len(myseq)))
还有一个是集合,用到了其中的第二条特性,对序列去重,不同手写一个存一个列表:)
再者,顺便考虑了N的存在,在序列计算过程中我们使用了 upper()
函数进行统一大写,便于计算。
在Python中,创建集合可以使用
{}
字面量语法,{}
中需要至少有一个元素,因为没有元素的{}
并不是空集合而是一个空字典。
注意:不能通过 set = {}
定义一个空集合。
和数学中的集合概念一样,我们可以进行交集、并集、差集等运算。
贴一个代码示例:
set1 = {1, 2, 3, 4, 5, 6, 7}
set2 = {2, 4, 6, 8, 10}
# 交集
# 方法一: 使用 & 运算符
print(set1 & set2) # {2, 4, 6}
# 方法二: 使用intersection方法
print(set1.intersection(set2)) # {2, 4, 6}
# 并集
# 方法一: 使用 | 运算符
print(set1 | set2) # {1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 10}
# 方法二: 使用union方法
print(set1.union(set2)) # {1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 10}
# 差集
# 方法一: 使用 - 运算符
print(set1 - set2) # {1, 3, 5, 7}
# 方法二: 使用difference方法
print(set1.difference(set2)) # {1, 3, 5, 7}
# 对称差
# 方法一: 使用 ^ 运算符
print(set1 ^ set2) # {1, 3, 5, 7, 8, 10}
# 方法二: 使用symmetric_difference方法
print(set1.symmetric_difference(set2)) # {1, 3, 5, 7, 8, 10}
# 方法三: 对称差相当于两个集合的并集减去交集
print((set1 | set2) - (set1 & set2)) # {1, 3, 5, 7, 8, 10}
在交集的并集上,pandas中的 merge
函数也是一把好手
我们之前聊过函数的基本写法及优势,也清楚函数名就可以认作是一个变量,因此在自定义函数时需要避免使用重复的名字去定义函数名,例如:
def foo():
print('hello, world!')
def foo():
print('goodbye, world!')
foo()
这个结果会怎么样?当然,一个项目或者简单实现功能的时候,不需要也不能够简单避免同一个变量名所带来的麻烦。但是,在多人开发的流程中会出现这个问题。因此,就要引入 模块这个概念来解决这个冲突。
模块是什么?
简单来说,每一个python文件可以看作一个模块,而不同的模块中函数名(变量名)可以重复。使用上面的例子来看,构建两个文件:
$ less module1.py
def foo():
print('hello, world!')
$ less module2.py
def foo():
print('goodbye, world!')
调用的几种方法:
import
过程中使用as
关键字可以对模块进行别名;
import module1
import module2 as m2
module1.foo() # hello, world!
m2.foo() # goodbye, world!
使用from...import...
语法从模块中直接导入需要使用的函数
from module1 import foo
foo() # hello, world!
from module2 import foo
foo() # goodbye, world!
补充一下内置函数的说明,内置函数是指不需要import
就能够直接使用:
详细内容可以点击原文查看官方文档
http://docs.python.org/3/library/functions.html
下面罗列结果不常见的进行说明:
把一个整数转换成以'0b'开头的二进制字符串,例如:bin(123)会返回'0b1111011'。
一行代码的优雅,继续前行。
参考资料 pandas 0.25.3 documentation
jackfrued/ Python-Core-50-Courses
https://www.cnblogs.com/yyds/p/6281453.html