Methods in Ecology and Evolution: 结合5.8S与ITS2提升真菌的物种划分

Journal:Methods in Ecology and Evolution

First published: 23 July 2019

昨天刚刚上线一篇新文章，测试了5.8S区域也可作为OTU划分的依据，并通过in silico方法比较了5.8S与ITS2对物种划分的差异。作者建立了一个平台，可以将5.8S与ITS2结合起来进行数据分析。

结果表明5.8S-ITS2平台和单独ITS2相比得到了3倍的OTU，尤其是Chytridiomycota(10x) 和Rozellomycota(3x)。

此方法可以有效的提升数据库的物种覆盖度，进而得到更多的OTU。

5.8S区域由于变化小，通常不利于物种划分。但是却可用于系统发育的鉴定。目前UNITE数据库包含所有ITS区域，自然也涵盖5.8S区。由于现在对于ITS1和ITS2数据库仍不完善，很多真菌在门水平上不能被准确分类，因此可探究5.8S与ITS2区整合之后的物种覆盖度，尤其是在较高分类水平上。

作者发现在种水平上，如果数据库完整，ITS1和ITS2效果确实好与5.8S。但是当数据库不完整，高分类水平上5.8S可以有效的区分物种，效果好于ITS1和ITS2。

该工具基于snakemake开发，目前已经上传到Github：

https://github.com/f-heeger/two_marker_metabarcoding

主要分四步：序列质控；5.8S鉴定；ITS2鉴定；最终鉴定。

5.8S和 ITS2序列在质控后通过ITSx分开，分别进行物种划分。划分方法为lowest common ancestor (LCA) classification。最终鉴定步骤将两者结果综合考虑，若ITS2划分到了更低的分类水平，则选择ITS2的结果。若ITS2没有划分成功自动选择5.8S的结果。若两者结果不一致，还可以自己选择用5.8S还是ITS2。

结果

In silico结果，可以清楚看到高分类水平5.8S更准，低分类水平ITS1和ITS2更准。

环境样本，5.8S+ITS2得到的Unknown比例大大减少。(原文的图就是这么不清楚)