结果正确 or 过程正确 ？

昨天写了一篇文章：对微生物测序领域的思考

收到了很多的留言，从与大家的交流中我也获益匪浅。

在和读者进行交流的时候，我突然发现了一个之前没有思考过的问题：发文章到底是要结果正确还是要过程正确？

这俩此词是回复读者评论的时候临时起意造出来的，先解释一下：

所谓结果正确，即条条大路通罗马，不管用啥方法，只要得到了想要的结果就行；

而所谓过程正确，是指我们为了得到结果所采用的方法必须是统一的，即使可能得不到我们希望的结果。

所以，读者不妨思考一下，自己在分析数据的时候是按照哪种方式进行的。

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而我在上文中提出的建立从采样到数据分析的SOP，就是希望微生物测序这个领域能够过程正确。

对于结果正确，我们经常能看到以下的情况：

要检验样本间群落之间的差异，有的文章用了PCA，有的用了DCA，有的用了ANOVA，Adonis等检验。不知道大家看到如此多的方法是否会产生疑问，为什么不同文章会选择不一样的做法？是只知道其中一个方法；还是选了结果最契合假设的方法？这些判断标准没有人会写在自己的文章里。

再举个例子，很多人会检验群落差异会做t检验，但是t检验是有前提的，数据必须符合正态分布且组间满足方差齐性。对于文章中的t检验，作者是否先判断了自己的数据符合标准，作者一般也不会写进文章。

生信中这样的例子其实太多了，相信自己分析过数据的人也都会遇到各种各样的坑。有时候针对一个问题有多种方法；有时候某种方法的使用是存在前提条件的。但是坏就坏在，这些方法的使用标准大家不会写进文章，因此，这里面就会存在很多说不清的猫腻。

随意的或者有意的方法选择会造成了文章本身的可信度存在疑问，不同文章之间即使研究的是一个问题，很多时候也不能直接进行比较。

我认为现在的文章是以结果正确为导向的，很多时候大家还是选了最符合自己预期结果的方法来使用，而不会考虑这种方法是否合适。文章一发，万事大吉。

在方法和技术不断飞速发展的今天，我认为更应建立SOP来统一分析方法。即使现在的SOP方法会过时，但却是目前阶段最全面、最可信、也最容易在多个文章之间产生联系的手段。

对于如何建立SOP的问题，我只能纸上谈兵了。

必须要由国际公认的本领域专家共同建立，并且及时更新以跟上方法技术的发展，通过大牛带动效应不断的推广(Qiime2, Deblur等就是很好的例子)。

另外，也需要通过各种杂志投稿要求的强制性来倒逼广大作者使用。

这样两种作用结合，才能更好的推广SOP。

欢迎继续讨论~

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