通过NetworkAnalyst在线服务构建PPI网络

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NetworkAnalyst是一个在线网站，通过该网站可以方便的分析基因表达谱数据，比如聚类，差异分析，富集分析等等，而且可以基于基因来构建各种相互作用网络，该网站的地址如下

http://www.networkanalyst.ca/faces/home.xhtml

输入数据可以是基因或者蛋白的列表，也可以是基因在所有样本中表达量的表格。对于表达量数据，支持PCA/t-SNE聚类算法来进行聚类和可视化，也支持heatmap, venn图等常见的可视化手段。

对于差异分析，支持下列软件

1. limma
2. edgeR
3. DESeq2

而且支持case/control比较，时间序列分析，双因子分析等各种差异分析模型。

对于相互作用网络，支持构建以下几种网络

1. protein-protein interactions
2. TF-gene interactions
3. miRNA-gene interactions
4. protein-drug interactions
5. protein-chemical interactions

network的构建是基于数据库的，目前该网站支持13个物种的网络分析。

该网站功很强大，本文只展示如何通过该网站构建PPI网络，首先，输入你的差异基因或者对应的蛋白列表。在下图中点击A list of genes or proteins

然后选择物种和输入的ID的类型，示意如下， 其中#开头的是注释信息，第二列的logFC信息可以不提供

首先点击Upload按钮上传数据，然后点击Proceed按钮进入下一步，选择对应的分析内容，示意如下

选择protein-protein interactions 分析，然后选择对应的数据库，这里我选择的是String数据库，示意如下

对于输入的基因，会存在多个网络，首先给出所有网络的汇总，而且提供了.sif格式的下载，可以导入到cytoscape等工具中分析

点击Proceed按钮进入下一步，对于每个subnetwork 进行可视化和分析，在网页的中间，是可视化的结果，示意如下

在左侧，默认显示该网络中节点的拓扑属性，示意如下

在右侧，提供了以下4种挖掘算法

Module Explorer就是用来检测网络中的module, 用法如下，选择算法，提交即可

对于检测到的不同modules, 可以用不同颜色标识，展示如下

通过Function Explorer, 可以挑选节点进行功能富集分析，示意如下

通过NetworkAnalyst, 我们可以方便的构建PPI网络，并进行module检测和功能富集分析。

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