在Ubuntu下安装旧版seurat

生信技能树

发布于 2019-07-30 15:46:12

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发布于 2019-07-30 15:46:12

文章被收录于专栏：生信技能树

演示如何配置单细胞数据处理环境。

先准备Ubuntu系统

这里首推华为云：https://www.huaweicloud.com/pricing.html#/ecs

可以和其它按需购买的云服务对比：

https://www.amazonaws.cn/ec2/pricing/ec2-linux-pricing/ （亚马逊中国，aws）
https://buy.cloud.tencent.com/price/cvm#tab0-list1 （腾讯云服务器）
https://cn.aliyun.com/price/product#/ecs/detail （阿里云服务器）
https://cloud.google.com/compute/pricing?hl=zh-CN (谷歌云服务器)
其它，美团云，百度云等等就不一一展示

安装R语言

假如系统R版本不够，就需要升

# 首先删除系统自带旧版本的R
sudo apt-get --purge remove r-base  r-base-core r-base-dev
sudo apt-get --purge remove r-base-core
sudo apt-get --purge remove r-base-dev
# sudo apt-get remove -y 'r-cran-*'
# apt-get remove 会删除软件包而保留软件的配置文件r
# apt-get purge 会同时清除软件包和软件的配置文件

#然后更新Ubuntu源文件
## 这里，不同Ubuntu系统有点不一样：
cat /etc/issue
# 18.04
# 使用VIM添加下面代码到/etc/apt/sources.list文件
# deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y  r-base r-base-core  r-base-dev

安装shiny-server及Rstudio-server

https://www.rstudio.com/products/shiny/shiny-server/

https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/

sudo su - \
-c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/')\""
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb 

wget  https://download2.rstudio.org/server/trusty/amd64/rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb
sudo gdebi  rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb

这样的话 http://139.9.249.168:3838/ 和 http://139.9.249.168:8787 就是可以访问的啦，不过在华为云上需要开通指定的端口。

安装旧版seurat的依赖包

如何知道旧版seurat的依赖包呢？先运行：

packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_2.3.4.tar.gz"
packageurl
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

看报错，找到依赖包：

options()$repos 
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror

# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
 install.packages("BiocManager")

pkgs=c("ggplot2", "cowplot", "ROCR", "mixtools", "lars", "ica", "tsne", "Rtsne", "fpc", "ape", "pbapply", "igraph", "RANN", "dplyr", "RColorBrewer", "irlba", "reshape2", "gplots", "dtw", "SDMTools", "plotly", "Hmisc", "httr", "tidyr", "ggridges", "metap", "lmtest", "fitdistrplus", "png", "doSNOW", "reticulate", "foreach", "hdf5r", "RcppEigen", "RcppProgress") 
BiocManager::install(pkgs,ask = F,update = F)

依赖包并不是一帆风顺的，因为Ubuntu系统缺库：

sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev  libxml2-dev libssl-dev subversion scons libfuse-dev gcc
sudo apt-get -y install  libmariadb-client-lgpl-dev libcurl4-openssl-dev libudunits2-dev

安装好必备库之后，再安装R包：

pkgs=c('curl','openssl','hdf5r','httr','plotly')
BiocManager::install(pkgs,ask = F,update = F)

关于hdf5r的失败

谷歌没有找到答案，重新看日志，同样是缺库：

 sudo apt-get install libhdf5-dev

再次安装hdf5r就可以成功。

pkgs='hdf5r'
BiocManager::install(pkgs,ask = F,update = F)

最后成功安装旧版seurat

packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_2.3.4.tar.gz"
packageurl
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")