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R包降级也不全是那么简单

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生信技能树
发布2019-07-30 15:40:00
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发布2019-07-30 15:40:00
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文章被收录于专栏:生信技能树

昨天写了随心所欲对指定R包进行升级与降级,以为大家都可以很轻松做到,发现其实只是自己随心所欲了,第一因为自己的mac电脑,其次因为自己看得懂R的提示,说缺依赖包,所以需要手动安装一些依赖。

如果是Windows用户,会有一个make缺失这样的错误,如下:

虽然很多年没有使用Windows了,但实际上很容易谷歌搜索解决:

其实就是rtools缺失 问题,Windows去下载适合的版本安装即可解决。

下载安装Rtools,一次性安装到C盘(必须是C盘哦),再打开Rstudio运行packages的安装代码即可。

代码语言:javascript
复制
> packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_2.3.4.tar.gz"
> install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")
> library(Seurat)
载入需要的程辑包:cowplot

********************************************************
Note: As of version 1.0.0, cowplot does not change the
  default ggplot2 theme anymore. To recover the previous
  behavior, execute:
  theme_set(theme_cowplot())
********************************************************
## 迅速搞定,problem solved ~

当然,MAC用户的报错也很有趣,我们下次再讲。

后记:

实际上,早期我们做生物信息学,也会经常遇到软件安装失败的困难,后来有了conda,实际上很少有人询问软件如何安装了,反正都是 conda install 即可,有点类似于软件管家帮你解决一切痛苦烦恼,不知道R里面会不会也是这样,短期内我看docker有这个潜力。

当然,短期内,大家就只能是靠万能的谷歌啦!

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2019-07-25,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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