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TCGA年度（共4年）研讨会资料分享

生信技能树

发布于 2019-05-15 10:12:16

发布于 2019-05-15 10:12:16

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最近搜索很多资料，都跳转到TCGA年度（共4年）研讨会PPT了，觉得有必要再次分享，第一次分享在：http://www.bio-info-trainee.com/958.html

TCGA年度（共4年）研讨会PPT官网是： http://www.genome.gov/17516564

蛮有趣的，下面的PDF链接，可以使用 wget批量下载，或者R里面也可以，欢迎大家写出极简代码在这里分享。

假设下面的 url 被保存在 url.txt 文件里面。

wget -i url.txt

当然，如何获取这么多url，你可能是需要自行摸索一下。

Meetings

The Cancer Genome Atlas Fourth Annual Scientific Symposium May 11-12, 2015
The Cancer Genome Atlas Third Annual Scientific Symposium May 12-13, 2014
The Cancer Genome Atlas Second Annual Scientific Symposium November 27-28, 2012
The Cancer Genome Atlas First Annual Scientific Symposium November 17-18, 2011

假设url文件如下：

http://www.genome.gov/Multimedia/Slides/TCGA1/TCGA1_.pdf 
http://www.genome.gov/Multimedia/Slides/TCGA4/24_Gross.pdf

其实有YouTube视频

虽然大部分人无法观看，但是我相信，真正感兴趣的还是能找到办法。

TCGA教程长期更新列表

本文参与腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。

原始发表：2019-05-10，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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TCGA的28篇教程-所以癌症的突变全景图

数据库 xml 数据挖掘 http

有了MAF格式的突变数据，比如TCGA里面的乳腺癌的1000个左右的样本的突变信息，就很容易走maftool这个包，进行绘图，代码如下：

生信技能树

2018/09/21

5.6K1

TCGA的28篇教程-所以癌症的突变全景图

100篇泛癌研究文献解读之生存分析相关基因

r 语言 http html 数据库数据挖掘

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）

生信技能树

2019/05/22

1.5K0

100篇泛癌研究文献解读之核受体基因家族探索

r 语言数据挖掘

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）

生信技能树

2019/06/15

1.1K0

100篇泛癌研究文献解读之癌症相关基因的饱和度分析

r 语言数据库 sql 数据挖掘对象存储

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）

生信技能树

2019/05/15

1.1K0

TCGA的28篇教程- 数据下载就到此为止吧

r 语言数据分析

因为TCGA是一个史无前例的癌症研究项目，值得介绍的东西太多，不能在下载这个基础环境耽误太多的功夫，下载渠道再多，也只需要一个好用的即可！

生信技能树

2018/07/27

2.3K0

TCGA的28篇教程- 数据下载就到此为止吧

100篇泛癌研究文献解读之微卫星不稳定性

r 语言数据挖掘 html

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）

生信技能树

2019/05/31

2.5K0

TCGA数据库R包集大成者TCGAbiolinks

https 网络安全数据库数据挖掘 sql

主要是因为GDC官网虽然权威，但是太复杂了，不利于初学者。而且GDC官网是针对TCGA数据库的每个癌症的每个病人的不同数据分开存放，每次都是批量下载后，整理合并的。但是我们前面的在线接口，去cbioportal或者FireBrowse都是以癌症为单位下载不同数据集。包括后面分享的：

生信技能树

2022/07/26

1K0

TCGA数据库R包集大成者TCGAbiolinks

TCGA数据库介绍以及下载方式小结

美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱（Cancer Genome Atlas，TCGA）计划，试图通过应用基因组分析技术，特别是采用大规模的基因组测序，将人类全部癌症（近期目标为50种包括亚型在内的肿瘤）的基因组变异图谱绘制出来，并进行系统分析，旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小变异，了解癌细胞发生、发展的机制，在此基础上取得新的诊断和治疗方法，最后可以勾画出整个新型“预防癌症的策略”。TCGA 使命:提高人们对癌症发病分子基础的科学认识及提高我们诊断、治疗和预防癌症的能力TCGA 目标:完成一套完整的与所有癌症基因组改变相关的“图谱”。

用户1359560

2019/05/14

5K0

TCGA数据库介绍以及下载方式小结

TCGA数据下载方法简介

http https 网络安全 html

TCGA数据，指癌症测序数据，TCGA的全称为The Cancer Genome Atlas,癌症基因组图谱（TCGA）是美国国家癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所（NHGRI）已生成的33种癌症的基因组的关键变化全方位，多三维地图之间的合作的TCGA数据集，其包含基因组数据的两个以上的PB的，已取得公开可用，以及该基因组信息有助于癌症研究界，提高预防，诊断，和治疗癌症。

努力在北京混出人样

2019/02/18

1.4K0

生信小技巧第8课，加上 TCGA的28篇教程- 批量下载TCGA所有数据

markdown r 语言 html

（复制http://v.qq.com/x/page/v0666qu5y66.html这个链接在浏览器打开观看，当然，腾讯视频会给你看一分钟广告，而且需要自己选择超高清观看哦！！！）

生信技能树

2018/07/27

1.2K0

生信小技巧第8课，加上 TCGA的28篇教程- 批量下载TCGA所有数据

TCGA的28篇教程-早期泛癌研究

主要是研究肿瘤纯度，拷贝数变异，突变全景图，驱动突变，肿瘤异质性。我这里挑选第一个肿瘤纯度的泛癌研究进行解读：

生信技能树

2018/09/21

3.7K0

TCGA的28篇教程-早期泛癌研究

玩转 TCGA 数据库（一）

函数数据搜索数据库对象

癌症基因组图谱计划（The Cancer Genome Atlas , TCGA）,对超过 20,000 份涵盖 33 种癌症类型（https://www.cancer.gov/ccg/research/genome-sequencing/tcga/studied-cancers）的原发癌及配对正常样本进行了分子特征分析。，是一个由美国国家癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所（NHGRI）联合发起的大规模研究项目。TCGA的主要目标是通过全面分析不同类型癌症的基因组变化，来提高对癌症的理解并推动诊断、治疗和预防的进步。TCGA现在的数据均收录在 GDC (Genomic Data Commons) 中，可以通过网页 GDC Data Portal （https://portal.gdc.cancer.gov/）获得TCGA数据。

生信菜鸟团

2025/05/06

3210

手把手学习TCGA数据库：SNP突变分析第四期

各位科研芝士的朋友，大家好，又见面了，今天我们的主题是利用cBioportal及UCSC-XENA数据库在线下载TCGA_SNP数据

百味科研芝士

2019/06/26

5.4K2

拼凑6个网页工具图表还不够那就再加上6个组学

数据库 sql 腾讯云开发者社区 https express

TCGA数据挖掘真的是绵绵不绝，这里就不再赘述了，从基因集到ceRNA，到可变剪切，肿瘤免疫，再到现在的m6A和自噬基因，马上缺氧,代谢应该是也要出来了，每次一个策略就是33篇数据挖掘文章。真的是很不走心，比如最近有学徒一直咨询我的m6A，我发现仅仅是ccRCC的就有4篇，有一个很简陋的文章，完全是6个网页工具图表拼凑的，再加上一点点多组学。

生信技能树

2020/04/20

1.2K0

通过R包UCSCXenaTools链接UCSC的XENA浏览器来探索TCGA等公共数据

https 网络安全 r 语言

类似的机构其实还是 MD Anderson Cancer Center 和 UCSC，其中UCSC的XENA浏览器就把TCGA等公共数据整理的工工整整。官网链接是：https://xenabrowser.net/

生信技能树

2022/07/26

8160

使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据

r 语言数据库 express

前些天被TCGA的终结新闻刷屏，但是一直比较忙，还没来得及仔细研读，但是笔记本躺着的一些TCGA教程快发霉了，借此契机好好整理一下吧，预计二十篇左右的笔记

生信技能树

2018/07/27

2.3K0

使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据

干货~Chris带你玩转TCGA~

数据库 sql https http 网络安全

那里的参数可以看下面这个网站https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/query.html然后下载你要的数据

Chris生命科学小站

2023/03/02

3500

干货~Chris带你玩转TCGA~

TCGA数据挖掘（一）：TCGAbiolinks包介绍

r 语言数据库 sql

肿瘤基因组图谱（TCGA）计划是由美国National Cancer Institute（NCI）和National Human Genome Research Institute（NHGRI）于2006年联合启动的项目，研究的癌症类型从最开始的多形性成胶质细胞瘤（GBM）到现在为止共有39种，涉及29种癌症器官，1万多个肿瘤样本，27万多份文件，当然其项目也将于2017年接近尾声。

DoubleHelix

2019/08/27

5K0

TCGA数据挖掘（一）：TCGAbiolinks包介绍

给你tcga数据库过万病人的原始测序数据你可以做什么

数据库 sql https 网络安全数据挖掘

大家应该是都知道，TCGA数据库是目前最综合最全面的癌症病人相关组学数据库，包括：

生信技能树

2020/04/26

1.2K0

给你tcga数据库过万病人的原始测序数据你可以做什么

生信干货~TCGA转录组数据获得与分析方法

数据库 sql https http 网络安全

那里的参数可以看下面这个网站https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/query.html然后下载你要的数据

Chris生命科学小站

2023/03/02

1.2K0

生信干货~TCGA转录组数据获得与分析方法

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