用途:
-----开始----
如下
下面可以把刚才得到的blast结果文件简化,也可以不做,做的话,下面
image.png
先得到串联重复序列的link文件 上面得到的.tandem文件用excel打开并进行分列,另存为txt文件
image.png
结果
GRAS基因家族在染色体上的位置并显示串联重复序列
可以看到有串联重复序列 再把pineapple2pineapple.blast.tab.collinearity文件转换为link文件
获得基因间关系的link文件
结果如下
image.png
可以看出和视频中不一样,因为我和作者用的不是同一个基因家族 对于比对到自身的(单个基因组)的还可以做其他的
设置
结果
也可以选择性展示
circle gene view.300dpi.jpg
分析菠萝与水稻之间的共线性区块
按前述步骤分别得到水稻的CDS和protein,方法不再赘述 这里需要说明的是,视频中CDS的总序列数为66338,我下载了几个水稻品种包括reference geonome均不是,就用以下信息吧
image.png
取最长的可变剪切本,以使下一步分析更加准确
接下来,这一步看具体请看需要不需要做
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image.png
都比对完之后,开始merge两个比对后的blast文件
image.png
同样gff文件也要merge
image.png
然后
得到pineapple_rice.collinearity文件 然后
mutiple synteney plotter
新建一个multiple文件夹
接下来在做菠萝和香蕉的比对 步骤按上面 提取cds,pro(考虑可变剪切,可以选择最大长度可变剪切序列),然后互相比对得到blast结果 上面个gff和blast结果分别merge,就可以比对了