TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析1

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包括 1多序列比对与可视化 Mega（Muscle）进行序列比对，JalView进行多序列比对结果的可视化 2进化树构建与可视化 氨基酸替代模型的选择，构建ML进化树（注意比对结果修剪参数），进化树美化 3从进化水平分析motif模式 4从进化水平分析domain 5从进化水平分析基因结构变化 6合并分析以上三者

1多序列比对与可视化

下载Mega 导入42家族序列信息

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jalview下载地址

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2进化树构建与可视化

2.1氨基酸替代模型的选择

2.2构建ML进化树

用最大似然法构建进化树 先建立模型，

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用时会比较长，会不断计算模型

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结果如下（用时30min）

重点看BIC和AICc，数值越小越好。

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上面这个过程非常耗时

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其中，No.of Bootstrap Replication默认最小50，即使设定10也自动调整为50。

结果如下：

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用Original Tree结果

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可以用Mega本身对其进行美化，自行摸索调整参数。

导出文件

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然后另存为.txt文本

2.3.FigTree进化树美化

现在用figtree来进行美化 首先下载figtree,安装

可以自己摸索调整参数，达到自己满意的效果

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3从进化水平分析motif模式

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如下

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结果如下

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！！同一个分支上的motif模式应该很相似，如果不是，考虑是否序列不完整，没注释好可以补正后再进行重新分析。 暴力的方法是直接删除可疑成员，不建议！ 下面这张图是视频课中的拟南芥的图，可以看出motif非常整齐，每个分支更加整齐。

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4从进化水平分析domain

结果如下：

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另外，TBtools支持环形展示

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5从进化水平分析基因结构变化

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也可以环形展示

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6合并分析以上三者

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结果如下

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也可以如下展示

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