TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析

包括

• 基因成员的序列特征分析（分子量等电点等）
• 基于motif分析成员序列保守特征与可视化（蛋白与核酸，可用于挖掘未知，尤其是核酸水平-非编码水平的保守）
• 基于domain分析成员结构域的保守型与可视化（往往已知）
• 基因结构分析（包括内含子模式）
• 基因染色体分布情况可视化

新建个文件夹命名基础分析

1 打开下列网址http://web.expasy.org/compute_pi/

用tbtools转换格式

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复制第二列序列数据到一个新文本文档onlyseq.txt，并把所有*删除

处理excel文件最后得到如下格式文件

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2 motif分析及可视化MEME

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等待。。。 下载MAST xml文件

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可以在线查看 MAST HTML output链接

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打开TBtools

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也可以用

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3基于domain分析成员结构域的保守型与可视化

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi

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对比motif和domain看下

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domain不怎好看，可以修改hit文件 缺失的序列补回来

另外，可以用下面方式手动修改更好的展示

4 基因结构分析（包含内含子,UTR）

TBtools

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菠萝中内含子少，而拟南芥中很多

5 基因染色体分布情况可视化

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关注不同，分析不同，形成思考和可能的结论