生信基础50问-GC含量是否应该成正态分布呢
对NGS测序得到的成千上万条reads的GC含量进行统计，并且与正态分布形式对比已经是常规操作了，一般用fastqc软件即可分析，如下：
但现实情况往往不是这样。
不同NGS组学数据表现不一样
起初fastqc软件是为鸟枪法测序的WGS开发的，所以其报告的很多项目其实并不适合于其它NGS组学数据。比如下面的各项统计：
Basic Statistics
Per base sequence quality
Per sequence quality scores
Per base sequence content
Per base GC content
Per sequence GC content
Per base N content
Sequence Length Distribution
Sequence Duplication Levels
Overrepresented sequences
Kmer Content那么问题来了，不同物种的ngs组学的GC含量理想范围是什么？
如果不合格，可能原因有哪些呢？
- 接头序列污染
- 其它物种序列污染
这个时候还可以选择 fastq_screen 等软件来检查，或者自己写脚本。
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原始发表：2018-09-03，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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